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甲基化组学全流程生信分析教程

article 2024/11/17 21:31:49

甲基化组学全流程分析和可视化教程

读取数据目录下的idat文件的甲基化全流程一键分析

功能简介

甲基化分析模块可以实现甲基化芯片450K, 870kEPIC数据的自动读取，可以读取idat文件，也可以读取beta甲基化矩阵文件
甲基化数据的缺失值插值
甲基化数据的质控分析
甲基化数据的归一化处理分析
甲基化数据的SVD分析
甲基化数据的Combat去除批次效应分析
甲基化数据的DMP差异甲基化位点分析
甲基化数据的DMR差异甲基化区域分析
甲基化数据的差异block分析
甲基化数据的GSEA分析
甲基化数据的CNA分析

参数解释

func_arraytype:可选450k或EPIC,EPIC是870K的甲基化芯片

func_resultsDir: 分析结果要保存的目录

func_compare__groups__str: 做DMP和DMR分析时候要指定的比较分组,多个分组间用;号隔开

func_runBlock:是否进行比较耗时的block分析,默认为FALSE

func_runGSEA: 是否进行比较耗时的GSEA分析,默认为FALSE

func_runCNA: 是否进行比较耗时的CNA分析,默认为FALSE

nested_function: 是否嵌套函数

run_file_path: 甲基化.idat格式的原始数据所在的目录

run_read_file:是否要读取文件

run_analysis_type_name: 分析项目名称

run_add__res__dir: 是否要创建res_dir结果目录

run_add_save_file_prefix: 是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

参数给定的默认值

func_arraytype: 450K ;

func_resultsDir: D:/omics_tools/demo_data/methylation/lung_results/ ;

func_compare__groups__str: T-C ; func_runBlock: FALSE ; func_runGSEA: FALSE ; func_runCNA: FALSE ; nested_function: TRUE ;

run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/methylation/lung_raw/ ;

run_read_file: FALSE ; run_analysis_type_name: 10.met_analysis_from_idat ;

run_add__res__dir: FALSE ; run_add_save_file_prefix: FALSE ;

run_add__parent__dir: FALSE

窗口截图

运行中的显示信息

执行中，请稍后, 运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data/methylation; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data/methylation\10.met_analysis_from_idat_last_final_run_res_log.csv

运行完成的显示信息

结果展示

读取甲基化beta矩阵文件的甲基化全流程一键分析

功能简介

甲基化分析模块可以实现甲基化芯片450K, 870kEPIC数据的自动读取，可以读取idat文件，也可以读取beta甲基化矩阵文件
甲基化数据的缺失值插值
甲基化数据的质控分析
甲基化数据的归一化处理分析
甲基化数据的SVD分析
甲基化数据的Combat去除批次效应分析
甲基化数据的DMP差异甲基化位点分析
甲基化数据的DMR差异甲基化区域分析
甲基化数据的差异block分析
甲基化数据的GSEA分析
甲基化数据的CNA分析

模块使用讲解

参数解释

func_arraytype: 可选450k或EPIC,EPIC是870K的甲基化芯片

func_met__probe__col:甲基化探针所在的列名,当从beta文件开始分析时，要提供

func_resultsDir：分析结果要保存的目录

func_sample__anno__file：样本注释信息的文件，默认是空，如果file_path给的是beta矩阵文件，则需要给出sample.anno.file

func_compare__groups__str：做DMP和DMR分析时候要指定的比较分组,多个分组间用;号隔开

func_runBlock：是否进行比较耗时的block分析,默认为FALSE

func_runGSEA：是否进行比较耗时的GSEA分析,默认为FALSE

func_runCNA：是否进行比较耗时的CNA分析,默认为FALSE

nested_function：是否嵌套函数

run_file_path：甲基化beta矩阵的文件路径

run_read_file:是否要读取文件

run_analysis_type_name:分析项目名称

run_add__res__dir:是否要创建res_dir结果目录

run_add_save_file_prefix；是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir：是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

给定参数的默认值

func_arraytype: 450K ;

func_met__probe__col: V1 ;

func_resultsDir: D:/omics_tools/demo_data/methylation/lung_results/ ; func_sample__anno__file: D:/omics_tools/demo_data/methylation/lung_results/myImpute_pd.csv ; func_compare__groups__str: T-C ; func_runBlock: FALSE ;

func_runGSEA: FALSE ;

func_runCNA: FALSE ;

nested_function: TRUE ;

run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/methylation/lung_results/myLoad_beta.csv ;

run_read_file: FALSE ;

run_analysis_type_name: 10.met_analysis_from_beta ;

run_add__res__dir: FALSE ;

run_add_save_file_prefix: FALSE ;

run_add__parent__dir: FALSE

窗口截图

运行中的显示信息

分析正在执行中，请稍后, 运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data/methylation/lung_results; 运行结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data/methylation/lung_results\10.met_analysis_from_beta_last_final_run_res_log.csv

结果展示

样本的PCA分群聚类分析和剔除异常样本

样本的PCA分群聚类分析

删除异常样本

剔除异常样本后再次进行PCA分群聚类分析

DMRs差异甲基化区域的基因组circos图

参数解释

func_chr__col: bed文件中染色体编号所在的列名

func_start__col: bed文件中起始位置所在的列名

func_end__col: bed文件中终止位置所在的列名

func_value__col: bed文件中结果数值所在的列名

func_use__value__threshold: 是否对value的阈值进行筛选,默认为TRUE

func_value__threshold: bed文件中结果数值的阈值,默认为0

func_p__value__col: bed文件中p值所在的列名

func_title:图表的标题

func_chr__track:是否绘制不同颜色的染色体轨道

func_species:物种的基因组版本号

nested_function:是否嵌套函数

run_file_path:甲基化DMRs结果的文件路径

run_read_file:是否要读取文件

run_analysis_type_name:分析项目名称

run_add__res__dir:是否要创建res_dir结果目录

run_add_save_file_prefix:是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

已给定参数的默认值

func_chr__col: seqnames ;

func_start__col: start ;

func_end__col: end ;

func_value__col: value ;

func_use__value__threshold: TRUE ;

func_value__threshold: 0 ;

func_p__value__col: p.value ;

func_title: DMRs genome plot ;

func_chr__track: FALSE ;

func_species: hg19 ;

nested_function: TRUE ;

run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/methylation/lung_results/myDMR_BumphunterDMR.csv ; run_read_file: FALSE ;

run_analysis_type_name: 10.circlize_plot ;

run_add__res__dir: TRUE ;

run_add_save_file_prefix: TRUE ;

run_add__parent__dir: TRUE

运行中的显示信息

分析正在执行中，请稍后, 运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data/methylation\10.circlize_plot; 运行结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data/methylation\10.circlize_plot\10.circlize_plot_last_final_run_res_log.csv

窗口截图

运行完成的显示信息

执行已完成,运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data/methylation\10.circlize_plot; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data/methylation\10.circlize_plot\10.circlize_plot_last_final_run_res_log.csv

结果展示

结果文件列表

Circos图

差异甲基化位点结果的棒棒糖图可视化

参数解释

func_data__type:数据类型选择methylation

func_sequence__type: 序列类型，是DNA还是protein

func_gtf__anno__file: hg19的基因组注释gtf文件,450K和EPIC都是用的hg19基因组

func_gene__list__str:选择绘制的基因,多个基因用分号分割来批量绘制

func_gene__col: DMP结果文件中基因名称的列名

func_pos__col: DMP甲基化位点位置所在的列名

func_pos__name__col: 甲基化探针名称所在的列名

func_value__col: DMP结果的组间甲基化差值所在的列名

func_pval__col: DMP结果的p值所在的列名

nested_function: 是否嵌套函数

run_file_path: 甲基化DMP结果的文件路径

run_read_file: 是否要读取文件

run_analysis_type_name: 分析项目名称

run_add__res__dir: 是否要创建res_dir结果目录

run_add_save_file_prefix: 是否要添加结果保存文件的前缀

run_add__parent__dir:是否在上一级目录下创建目录或保存结果

提交

已给定的参数默认值

func_data__type: methylation ;

func_sequence__type: DNA ;

func_gtf__anno__file: E:/data/download/Homo_sapiens.GRCh37.75.genome_anno.csv ; func_gene__list__str: HOXB3;CLDN18 ;

func_gene__col: gene ;

func_pos__col: MAPINFO ;

func_pos__name__col: V1 ;

func_value__col: Diff.Value ;

func_pval__col: P.Value ;

nested_function: TRUE ;

run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/methylation/lung_results/myDMP_C_to_T_with_gene_anno.csv ; run_read_file: FALSE ;

run_analysis_type_name: 9.met_lollipot_plot ;

run_add__res__dir: TRUE ;

run_add_save_file_prefix: TRUE ;

run_add__parent__dir: TRUE

窗口截图

运行中的显示信息

执行中，请稍后, 运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data/methylation\9.met_lollipot_plot; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data/methylation\9.met_lollipot_plot\9.met_lollipot_plot_last_final_run_res_log.csv

运行完成的显示信息

执行已完成,运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data/methylation\9.met_lollipot_plot; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data/methylation\9.met_lollipot_plot\9.met_lollipot_plot_last_final_run_res_log.csv

结果展示

结果文件列表