TMStarget学习——Functional Connectivity

今天基于结构像和功能像数据试验操作TMStarget 的第二个功能模块Functional Connectivity。参考季老师的文档PPT来学习的，整个处理过程蛮长的，可能配置原因一路上报错也比较多，下面还是逐步记录吧，后面采用连更的方式直到跑通后再详细去理解操作步骤。

感谢季公俊老师提供如此神器TMStarget，我是纯靠研究数据和文档自学，如果有培训过很懂的亲发现理解有误，欢迎前来指导，感谢！
季老师TMStarget软件地址:(https://github.com/jigongjun/Neuroimaging-and-Neuromodulation)
这边也把季老师的基于TMStarget 的功能连接分析的PPT分享出来（github上软件包里面有包含），方便直接查看
https://download.csdn.net/download/learner_jj/89771268

（1）首先还是需要先准备好TMStarget的软件包和依托软件包

（2）这些个安装软件包的路径和安装还蛮重要
->路径下的空格真的有影响吗？
一开始AFQ、vistasoft和SPM12 和TMStarget都放在matlab 的安装路径toolbox下面，奈何我的toolboxl路径是 D:\Program Files\Matlab2020a\toolbox，没看错,D盘 Program Files，路径下面有空格，怎么跑都报错了，中间还报了不识别‘D:\Program’。。。
蒙圈以后发现原来这里路径下的空格居然影响了处理，于是乎我把这四个软件AFQ、vistasoft和SPM12和TMStarget 都搬家了，搬到了D盘重新起了一个没有空格字符的路径，真的就可以往下面跑了。

记住：这些工具安装包不能放在包含空格的路径下，至于为什么就是会报错呀，会使得dcm2nii 都进行不下去。
->软件安装还有讲究
1）先说spm12
首先软件的版本一定要和matlab的版本、运行系统匹配，还有按照其官网的安装指导 matlab->设置路径-添加文件夹（选中spm12)->保存->关闭 别的可能行，此处容易报错，所以此处安装spm12需要分两步:
①matlab->设置路径-添加文件夹（选中spm12)->保存
②matlab->设置路径-添加并包含子文件夹（选中spm12)->保存->关闭

2)同样的vistasoft-master和Neuroimaging-and-Neuromodulation-main 我都是按照上面spm12 的安装方式做了包含子文件夹设置了，否则当使用的函数出现在子级的子级那就找不到，会报 XXX 函数不识别的错误。

（3）处理前的数据准备
准备一个试验处理数据文件夹FCtest，包含T1Raw和FUNRaw 文件夹,顾明思义，T1Raw 放置被试的T1结构像，FunRaw放被试的功能像。可以看两种格式的数据路径架构是一致的,切都是dicom数据，是放置在subj001文件夹的同一个被试数据。



（4）T1Raw数据的预处理

DCM2NII：因为我的数据是dicom格式，需要转成nii，所以此处预处理数据格式转换必选，如果本身是nii数据了次选项不选；
Reorient:头歪斜校正，如果头的AC-PC比较水平了或者之前用别的软件做过了校正了，那就这个可以不选，我的数据有明显的歪斜，是需要做的，此处还是需要对AC和PC比较了解的，不然越矫正可能越歪斜。



我这边就矫正的不太好，具体还是需要花时间研究AC和PC还有那个 MIdSag点。
Bet:就是颅脑分割了，看起来还行的样子。
跑下来没有报错算是跑完了吧，整体有点慢，中间报export_fig的错误，窗口提示需要做版本升级那就按照提示点update吧。
下面看看T1Raw预处理后的输出吧


（5）FunRaw 数据预处理
首先检查AFQ-master 在matlab中安装是否包含到子文件夹


功能像的扫查参数TR、扫描序列，一定要提前知晓。
预处理完成后会生成一长串不同名字的文件夹，此处和DPABI的处理风格如出一辙，其实此处功能像的预处理用dpabi进行处理也是可以的。

很遗憾，也有点诡异，按照操作处理过程中没有提示错误，扫描参数都是正确的，但是最后的输出图可以确定功能像没有和T1结构像对齐。至于原因，后面需接着分析直到调正。