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蛋白质结构中模型的提取

article 2024/10/1 15:55:57

在 Biopython 的 PDB 模块中，提取 PDB 结构中的 model 信息相对直观。在 PyMMCIF 包中，我们可以通过提取 atom_site 数据中的 pdbx_PDB_model_num 字段来识别结构中的不同模型。下面是如何使用这两个包分别提取结构的 model 信息的示例代码。

1. Biopython PDB 模块提取模型示例代码

使用 Biopython 的 PDB 模块来解析 PDB 文件，并提取模型信息。

from Bio.PDB import PDBParser

# PDB 文件路径
pdb_file_path = '/path/to/your/pdbfile.pdb'

# 创建解析器
parser = PDBParser()

# 解析结构
structure = parser.get_structure('protein', pdb_file_path)

# 遍历结构中的模型、链、残基和原子
for model in structure:
    print(f"Model ID: {model.id}")
    for chain in model:
        print(f"  Chain ID: {chain.id}")
        for residue in chain:
            print(f"    Residue: {residue.resname}, Residue ID: {residue.id}")
            for atom in residue:
                print(f"      Atom: {atom.name}, Coordinates: {atom.coord}")

此代码遍历了结构中的模型、链、残基和原子，并输出相应

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http://www.kler.cn/news/327645.html