数据分析：宏基因组群落TOPOSCORE拓扑结构打分
文章目录
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- 介绍
- 数据
- TOPOSCORE算法
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- SCORE计算
- TOPOSCORE实操
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- tp_helper.R
- 导入数据
- 生存分析
- Fisher精确检验
- 聚类分析
- SIG定义
- Toposcoring 分数计算
- Akkermansia muciniphila的考虑
- TOPOSCORE的验证
- 总结
- 系统信息
介绍
研究背景：肠道微生物群对癌症患者对免疫检查点抑制剂（ICIs）的临床反应有影响。然而，目前尚无公认的有害菌群失调（dysbiosis）的定义。
研究方法：基于245名非小细胞肺癌（NSCLC）患者的粪便样本进行宏基因组（MG）测序，构建了物种水平的共丰度网络，并将其聚类为与总生存期相关的物种相互作用组（SIGs）。
主要发现：
- 确定了与ICIs抵抗性（SIG1）和响应性（SIG2）相关的37和45种宏基因组物种（MGSs）。
- 结合Akkermansia物种的定量，计算了基于个体的拓扑评分（TOPOSCORE），并在额外的254名NSCLC患者和216名泌尿系统癌症患者中进行了验证。
- TOPOSCORE能够通过快速诊断测试评估与肺癌和肾癌患者生存相关的肠道菌群失调。
研究意义