宏基因组分析软件
humann2有参物种功能定量流程
合并质控后的双端数据
conda install humman2
wd=/db/humann2
mkdir -p $wd
humann2_databases #显示可用数据库
humann2_databases --download chocophlan full $wd #微生物物种核心基因5.37G
humann2_databases --download uniref uniref90_diamond $wd #功能基因diamond索引 10.3G
humann2_config --print #查看参数和数据库位置是否正确
#常用修改线程数、核酸和蛋白库位置
humann2_config --update run_modes threads 8
humann2_config --update database_folders nucleotide $wd/chocophlan
humann2_config --update database_folders protein $wd/uniref