24. Lammps命令学习-系统定义部分总结
来源: “码农不会写诗”公众号
链接:Lammps命令学习-系统定义部分总结
文章目录
- 01 系统定义命令回顾
- 02 PE热解模拟参数设置
- 03 in文件参考内容
System definition
定义模拟系统,主要包括创建模拟盒子然后填充原子等操作,一般(尤其初学)采用MS建模,然后直接生成data文件的方式。
01 系统定义命令回顾
- read_data:读取包含LAMMPS运行模拟所需信息的data文件
- read_restart:从restart文件中读取先前保存的系统配置从而可以继续先前的模拟
- read_dump:从dump文件中读取原子信息以特定快照重新启动模拟
02 PE热解模拟参数设置
首次模拟采用read_data命令从data文件读取即可,生成data方式参考:
AutoRMA-MS模型转化为Lammps data文件
03 in文件参考内容
in文件初始化+系统定义部分完整参考内容:
# in.file for PE pyrolysis
# ----------- Initialization -----------
echo both
units real
atom_style charge
dimension 3
boundary p p p
# ---------- System_Definition----------
read_data pe.data
到此,初始化部分可以跑起来了。将以上文件复制到in.initialization-system_definition文件中,再将先前生成的pe.data文件放到同目录,然后执行如下命令即可:
lmp -in in.initialization-system_definition
LAMMPS (2 Aug 2023 - Update 4)
using 8 OpenMP thread(s) per MPI task
units real
atom_style charge
dimension 3
boundary p p p
# ---------- System_Definition----------
read_data pe.data
Reading data file …
orthogonal box = (-0.94255592 -3.2500044 0.26559692) to (23.148644 20.841196 24.356797)
1 by 1 by 1 MPI processor grid
reading atoms …
1804 atoms
read_data CPU = 0.006 seconds
Total wall time: 0:00:00
准备工作可参考以下相关文章
Lammps安装:
全网最简单Lammps(Ubuntu)安装教程
PE建模及生成data文件:
利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-1
利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-2
书山有路勤为径,学海无涯苦作舟。今天就到这里啦,拜了个拜~
上一篇:Lammps命令学习-8之read_dump