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24. Lammps命令学习-系统定义部分总结

article 2024/10/27 2:54:57

来源： “码农不会写诗”公众号
链接：Lammps命令学习-系统定义部分总结

文章目录

01 系统定义命令回顾
02 PE热解模拟参数设置
03 in文件参考内容

System definition

定义模拟系统，主要包括创建模拟盒子然后填充原子等操作，一般(尤其初学)采用MS建模，然后直接生成data文件的方式。

01 系统定义命令回顾

read_data：读取包含LAMMPS运行模拟所需信息的data文件
read_restart：从restart文件中读取先前保存的系统配置从而可以继续先前的模拟
read_dump：从dump文件中读取原子信息以特定快照重新启动模拟

02 PE热解模拟参数设置

首次模拟采用read_data命令从data文件读取即可，生成data方式参考：
AutoRMA-MS模型转化为Lammps data文件

03 in文件参考内容

in文件初始化+系统定义部分完整参考内容：


# in.file for PE pyrolysis
# ----------- Initialization -----------
echo         both
units        real
atom_style   charge
dimension    3
boundary     p p p

# ---------- System_Definition----------
read_data    pe.data

到此，初始化部分可以跑起来了。将以上文件复制到in.initialization-system_definition文件中，再将先前生成的pe.data文件放到同目录，然后执行如下命令即可：

lmp -in in.initialization-system_definition

LAMMPS (2 Aug 2023 - Update 4)
using 8 OpenMP thread(s) per MPI task
units real
atom_style charge
dimension 3
boundary p p p

# ---------- System_Definition----------
read_data pe.data
Reading data file …
orthogonal box = (-0.94255592 -3.2500044 0.26559692) to (23.148644 20.841196 24.356797)
1 by 1 by 1 MPI processor grid
reading atoms …
1804 atoms
read_data CPU = 0.006 seconds

Total wall time: 0:00:00

准备工作可参考以下相关文章
Lammps安装：
全网最简单Lammps(Ubuntu)安装教程

PE建模及生成data文件：
利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-1
利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-2

书山有路勤为径，学海无涯苦作舟。今天就到这里啦，拜了个拜~