OmicsTools软件和R语言分析环境安装配置答疑汇总最新版

OmicsTools软件和R语言分析环境安装配置答疑汇总

前言提示

我开发了一款本地电脑无限使用的零代码生信数据分析作图神器电脑软件OmicsTools，欢迎大家使用进行生物医学科研数据分析和作图，不需要学编程写代码，分析次数没有限制，可以无限使用，让您在自己的电脑上快速进行大量的生信分析和加速大家的科学研究

我开发的本地零代码全能生信软件在github上的zihaoxingstudy1/OmicsTools仓库中，大家可以下载安装进行各种生信分析和可视化作图。

大家想使用我的零代码生信软件在自己电脑分析或者想要找人代做生信分析和科研课题项目都可以跟我联系。

答疑汇总

关于电脑等硬件设备的答疑汇总

OmicsTools软件有苹果mac电脑版本吗？

目前OmicsTools全能医学生物生信分析软件不支持苹果mac电脑，只支持在所有型号的windows电脑上使用，主要有以下两个原因：

1. 目前我本人没有苹果电脑，无法做苹果电脑的适配
2. 苹果电脑做生信大数据集分析的性价比不高，生信分析数据挖掘，比如单细胞分析等领域最大的瓶颈是内存条的大小，也就是运行内存的大小，内存跟硬盘不一样，很多电脑有几百个GB，几个TB的硬盘磁盘空间，这些硬盘大小对于生信分析的作用不大，内存条和运行内存一般的电脑是8GB,16GB,32GB,64GB这样，如果运行内存不够大，很多数据读取不了，就没法分析了，苹果mac电脑的内存条一般都是焊死在主板上的，没法更换大一点的内存条做一些大一些单细胞数据集或其它数据集的医学生物生信等领域的分析。对于苹果电脑而言，六七千只能买到8G内存的笔记本，这样的笔记本做单细胞数据分析肯定是不太够用的，如果去买32G大内存的mac笔记本，就要花好几万块钱去买顶配的笔记本了，而windows电脑很多都可以更换内存条，可以在淘宝京东上花400块钱就能买个32G的内存条装在电脑上，我就是花了400多买了个32G的ddr4的内存条装在了笔记本上，由原来的8+8升级到了8+32共40G运行内存，基本上可以做大多数生信分析了。

苹果电脑有办法运行OmicsTools生信分析软件吗？

苹果电脑也是有办法运行OmicsTools软件的，需要用虚拟机在苹果电脑上装个windows双系统就是可以用的，我就知道有会员用户是苹果mac电脑，他在他的电脑上用虚拟机装了windows系统，然后在windows系统里运行成功了我的OmicsTools生信分析软件，也是能正常使用和做很多生信分析的。

几年前的老电脑也能装OmicsTools做生信分析吗？

几年前的老电脑也能装OmicsTools做生信分析，我遇到过有会员用户用10年前的老电脑了也可以安装我的OmicsTools做了很多生信分析，首先普通的转录组数据分析，表达芯片等数据肯定都是可以分析的，GEO数据挖掘这些都可以，单细胞的数据分析需要的内存大些，为了能分析更大的数据，更多的分析，我还是建议大家使用大内存的电脑，这样各种生信分析作图运行起来都是没有任何压力的。

做生信分析该选或买什么样的电脑？

做生信分析最大的瓶颈就是电脑的运行内存大不大，内存比CPU,硬盘，显卡等硬件都更加重要，CPU性能不够，只是跑的比较慢，花的时间比较长，硬盘磁盘空间不够，可以使用外接的移动硬盘存储数据来做分析，显卡只有在影像数据分析深度学习的时候才会用到，其它大多数生信分析场景都不需要用到显卡，而运行内存不够的时候，很多生信分析都是完全运行不了的。

做生信分析首先要考虑的就是买支持大内存的电脑，尤其是要买支持可更换内存条的电脑。苹果电脑的内存条一般都是焊死在主板上的，没法更换大一点的内存条做一些大一些单细胞数据集或其它数据集的医学生物生信等领域的分析。而windows电脑很多都可以更换内存条，但是现在很多windows电脑的轻薄笔记本也都是把内存条焊死在了主板上，不支持更换内存条，大家在选购电脑的时候，首先就要问清楚这一款笔记本支不支持更换新的内存条，如果客服回复不支持更换内存条，那么就千万不要买这一款笔记本电脑，因为到后面分析一些大数据的时候，内存不够用，又没法升级内存，就会很尴尬的。

我现在用的笔记本是1年前买的惠普战66的笔记本，我当时就是看中了这款笔记本可以更换内存条，我前段时间花了400多买了个32G的ddr4的内存条装在了笔记本上，由原来的8+8升级到了8+32共40G运行内存，基本上可以做大多数生信分析了。

当然，想买台式电脑的话，是更好的，台式电脑一般都是可以自由组装，更换硬件的，可以支持插更多的内存条，性能也比笔记本更好的。

做生信分析和AI深度学习买电脑需要考虑买个有显卡的电脑吗？买什么样的显卡比较好呢？

我的OmicsTools生信分析软件除了可以做各种生信分析以外，也可以用机器学习和深度学习构建各种预测模型，大多数机器学习算法不需要用到显卡，做深度学习AI构建模型的时候，有显卡是更好的，计算速度比CPU更快，当然CPU也是完全可以做所有深度学习的，对于大的深度学习模型，CPU可能计算会慢一些，一般生信分析构建的简单的多层感知机深度神经网络深度学习模型用CPU算起来也是很快的，花的时间也不长。

显卡是电脑上最贵的硬件了，比CPU,硬盘，内存条都要贵一些，一般的轻薄笔记本都是没有独立显卡的，只有集成显卡，集成显卡的性能都很弱，还不如CPU做深度学习的性能好，只有游戏本和一些台式机有显卡，大家想买显卡来做深度学习的话，用显卡一般只能用独立显卡，而且只能用英伟达大独立显卡，英伟达的显卡是深度学习用到的主流显卡和主流的cuda深度学习计算生态，大家买显卡只能买英伟达的独显，不要买AMD系列的显卡，AMD显卡对深度学习的调优和兼容远远不如英伟达的独显，只适合用来玩玩游戏，是不适合拿来做深度学习的。

选显卡首先要选英伟达的独显，其次最关键的要看显存的大小。买英伟达的独立显卡来做深度学习，一般只能选一些装了英伟达独显的游戏版和一些台式机，另外，最关键的就是在价格没有特别贵的情况下，尽量选大显存型号的显卡，做大多数生信分析的最大瓶颈是电脑运行内存的大小，而做深度学习如果不是用CPU去做，而是用显卡GPU去做的话，最大的瓶颈是显卡显存的大小，一点多层感知机MLP，CNN等小的深度学习模型一些游戏本的显卡显存都是能加载和运行这些深度学习模型的，而如果用到了transformer等更大的深度学习模型，显卡的显存基本上都要12G显存起步，大小的显存根本是运行不起来

而现在像openAI的chatgpt以及谷歌的geminie等很火的基于深度学习的大模型都是一次性采购了几万个英伟达H100这样最先进的显卡来做训练和推理，得到的大模型都很好用，但是买显卡就花了几十亿美金，训练一次就要花一亿美金以上，太大的深度模型可能很多普通显卡都运行不了，但是普通用户唯一能做的就是，如果一定要买显卡的话，尽量买显存大一些的显卡，显卡性能低，只是算的慢一些，但是显存不够的话，这个深度学习模型是完全运行不了的。

关于软件层面的答疑汇总

问：OmicsTools软件和本地windows电脑的R语言分析环境如何配置？

问：使用该软件需要编写代码吗？需要有R语言编程基础吗？没有任何编程能力基础的生信小白能用吗？

答：使用OmicsTools全能生信分析作图软件不需要编写代码，整个软件所有分析模块所有的分析过程都不需要编程，直接可以参考我的教学视频和我整理的分析教程文档，在软件每个分析模块的界面参数输入框里填一些参数值和文件路径就能分析了。所以的话，即使你完全不会 R 语言，不会任何编程语言，也能快速的做各种生信分析的。

问：老师，我还能在自己电脑上跑一些代码，安装一些包吗？会影响软件运行不？

答：使用我这个版本的R语言不会影响，可以在Rsutdio中使用我的OmicsTools环境中的R-4.3.2这个版本的R语言，最好电脑中只用我这一个版本的R语言就行了，具体在Rstudio中使用OmicsTools环境中的R-4.3.2版本的R语言的示意图如下：

问：OmicsTools软件的分析结果可以被导入到R语言里自己用R语言再做一些分析吗？

答：我的软件全程不需要编程，不会R语言的零编程基础的生信小白也能用我的软件做各种分析，我的软件每一步的分析结果都会在你自己的电脑上保存的有一份csv的数据结果文件和一份rds格式的结果文件，这两种文件都可以导入到R里分析，rds更适合被R语言和Rstudio直接加载，csv文件可以直接被excel打开来浏览csv文件中的内容。

问：OmicsTools软件是怎么更新的？怎么下载新版本的软件？旧版本的软件和新版本的软件该怎么处理呢？

OmicsTools的更新和优化包括实时推送的日常小更新优化和版本整体的增量大更新，平时用户反馈参数的改动和新特性和一些问题我都会快速进行优化，用户只需要重启一下电脑，就能实时享受到最新的功能和解决掉反馈的故障问题，大版本的更新我每隔两周左右发一个新版本的安装包。

问：如果单纯只是想要我已编译适配好的不需要安装开箱即用的所有R包，不需要我的软件的时候该怎么安装配置呢？

我的所有R包合集适配的是windows系统R-4.3.2版本的，可以在Rsutdio里直接加载这些R包，所有的R包都不需要安装，把压缩包解压后就能直接用，也不需要install，直接library,不需要任何安装操作。

你配置的时候详细看下我的视频和图文教程吧，只要路径都跟我的教程里一模一样，严格按照我的教程来操作了,目录路径和大小写都要和我的b站视频和图文文章教程里一样，即使没有安装使用我的软件，只要找我购买了所有R包，也是可以使用所有的R包的。

OmicsTools新版本软件包的下载

大家直接去我的群文件里下载最新版本的OmicsTools软件即可或github的zihaoxingstudy1/OmicsTools仓库也会上传。

软件版本号最大的就是最新的。

怎么用新版本的软件替换就版本的软件？

1. 先把旧版本软件的整个OmicsToolsApp的目录全部删掉，软件的R分析环境等都不需要变，只需要替换一下OmicsToolsApp这个目录

，下载好新版本的OmicsTools的安装包后，重新解压出新的软件安装目录就可以了,运行另一个版本的OmicsTools的时候，需要重启一下电脑

问：电脑中装了OmicsTools带的这个R语言，还能不能安装版本的R语言呢？

电脑中可以有多个版本的R语言，但是有的时候会出现调用混乱和冲突。

之前出现有用户装了多个R语言出现的分析异常情况，这种情况下建议把其它版本的R语言都卸载掉，避免因为分析环境可能会误用其它的R语言造成分析环境不一致出现的报错。

问： 如何设置笔记本的虚拟内存，让笔记本的可用内存变得更大一些？

具体设置可以查看下面的这篇教程：

Windows系统拓展虚拟内存的教程

OmicsTools软件运行异常的答疑

问：OmicsTools分析遇到报错的提问方法

按B站教程安装完，跑示例数据一直显示执行中，没结果

那个模块的呢，在对应的模块答疑汇总文档下提问，在腾讯文档里提问好了之后，截图在qq或微信或群聊里给我发个消息提醒我一下，我会在腾讯文档对应的文档的问题下面进行详细的答疑:

所有人可编辑-OmicsTools软件和R语言分析环境安装配置答疑汇总

所有人可编辑--GEO数据挖掘报错答疑汇总

所有人可编辑-单细胞全流程分析报错答疑汇总

所有人可编辑-机器学习和深度学习建模预测报错答疑汇总

所有人可编辑-孟德尔随机化分析报错答疑汇总

所有人可编辑-TCGA单癌症和泛癌数据挖掘报错问题答疑汇总

所有人可编辑-甲基化数据挖掘分析提问和答疑汇总

OmicsTools启动的时候遇到的异常问题解决

部分电脑上弹出的' 由于找不到ffmpeg.dll'的报错问题

软件的安装目录下是有ffmpeg.dll的，只是没有被一些电脑识别到，C:\Windows\System32 是系统搜索 DLL 文件的主要路径之一。如果在其他位置也存在同名的 DLL 文件（例如软件的安装目录），系统可能会优先使用 System32 目录中的文件。大家可以把ffmpeg.dll添加到C:\Windows\System32里可以来解决这个问题。

Powershell无法正常调用导致的启动异常问题

1. 检查 PowerShell 是否正确安装

你可以先确认你的系统中是否安装了 PowerShell：

按下 Win + R，输入 powershell，然后回车。如果 PowerShell 正常启动，说明已经安装。

如果没有响应，说明 PowerShell 可能没有安装或者路径设置有问题。你可以通过微软的官方网站重新下载安装 PowerShell。

2. 检查环境变量设置

有可能是 PowerShell 的路径未正确添加到系统的环境变量中。你可以按照以下步骤检查和设置：

右键点击“此电脑”或“我的电脑”，选择“属性”。点击“高级系统设置”，然后点击“环境变量”。

在“系统变量”中，找到 Path，然后点击“编辑”。

确保 C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0\（这是 PowerShell 默认的安装路径）在 Path 变量中存在。如果没有，手动添加此路径。

注册界面的异常问题解决

点击注册后，如果出现这样的问题：

少数这样的用户是windows系统里没有任何windows的系统工具命令添加在windows环境变量中，这个时候我们需要把windows系统命令工具所在的目录路径都添加到系统环境变量中，方便OmicsTools软件能正常的调用windows的系统命令。

至少要添加C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0\；C:\Windows\System32；C:\Windows；C:\Windows\System32\wbem 这四个windows系统级命令所在的目录路径。

右键点击“此电脑”或“我的电脑”，选择“属性”。点击“高级系统设置”，然后点击“环境变量”。在“系统变量”中，找到 Path，然后点击“编辑”。

如果点击编辑后没有弹出上面的窗口，而是弹出的下面的这样的窗口：

则变量名时Path,变量值你用分号隔开一次性添加一串多个变量，添加的内容是：C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Windows\System32;C:\Windows;C:\Windows\System32\wbem,点击确定，环境变量就添加好了。

后面就能弹出我那个窗口了，你的电脑是一个windows的工具变量都没有。

等环境变量添加好了之后，重启一下windows系统，再打开OmicsTools软件，就可以正常注册了。windows系统每次开机后，OmicsTools软件需要等2分钟才会把所有组件加载成功，并弹出软件的主窗口。

OmicsTools登录异常问题的解决

1. OmicsTools登录需要有用户名，密码和激活码，激活码由我发给会员用户，同时用户的账号密码和激活码只能在一台电脑上使用。一般如果大家没有登录成功，如果登录页面提示账号或密码错误，那就是账号或密码输错了，如果在其它的电脑上登录了，也会提示登录不成功。
2. OmicsTools使用的时候需要网络，用一个网速好的网络，比如自己手机热点等网络会好一些，如果电脑完全没有联网或者网络很差也会导致登录异常的情况出现。

OmicsTools登录成功但是有的分析模块提交后没有黑色分析终端弹窗出现或终端弹窗出现后快速闪退的情况

文件路径没有填写正确导致分析报错或闪退的问题

视频教程

 (在win系统上做生信数据分析如何快速检查和填写正确的文件路径，避免分析报错)

报错示例截图

报错原因讲解

我的软件界面run_file_path文件路径参数填写的文件路径是D:/omics_tools/demo_data/iris2.csv, 但是我的D盘的D:/omics_tools/demo_data是没有这个文件的，只有一个D:/omics_tools/demo_data/iris.csv这个文件，所以我的文件路径填错了，给了一个无效的文件路径，软件分析模块界面的run_file_path等一些文件路径尤其是run_file_path的文件路径填错了，导致分析模块无法读取到这个文件，就会出现闪退的情况，我们要保证给的路径一定是完整的绝对路径，并且这个路径是文件的所在路径，就是可以正常对该数据文件进行识别读取和分析处理的。

快速检测给的文件路径是否正确有效的方法

检测给的文件路径是否正确，一个很简单的方法就是把文件路径直接粘贴到文件管理器的地址栏中，如果能把这个文件找到或打开，这个路径就是正确的，否则，文件路径没有填写正确。

把文件路径直接粘贴到文件管理器的地址栏：

按enter回车键后，自动在wps或记事本中打开了iris.csv这个文件

如果该文件是一个txt,csv,xlsx等表格文件，把路径粘贴到地址栏，按enter回车键后，能在记事本或wps,excel等软件中自动把这个表格文件打开，说明我们的文件路径填写的是正确的，否则，就是没有填写正确，需要坚持一些路径哪些填错了。

快速正确填写文件路径的方法

如果我们没有设置让文件管理器显示出文件扩展名， 我们看到的文件名字是不完整的，像这样：

比如，iris.csv这个文件，只显示了iris这个名字，我们直接复制iris这个名字作为文件路径就是不完整和错误的。

这个时候，我们需要先让文件管理器能正常显示出文件的扩展名，设置方法如下：

在文件管理器中点击查看---点击显示---点击显示文件扩展名，让文件扩展名前面是有√的。

设置好显示文件扩展名后，文件管理器显示文件就是正常的文件名了，像这样：

现在我们看到iris.csv的文件名就是显示的是iris.csv,而不是之前的iris了，这样我们去复制iris.csv这个文件名，才是正常的名字。

在记事本中通过复制粘贴快速得到该文件的完整正确的文件名绝对路径用于软件的分析模块的正确路径

1. 我们在电脑先打开一个空白的记事本窗口：

2.1 在文件管理器中把光标放到我们要分析的文件上面，鼠标右键点击该文件，在弹出的菜单栏中选择复制文件地址，并按Ctrl+v粘贴到记事本中

我们把完整的文件路径复制到记事本之后，需要把文件路径两边的双引号给删除掉，因为OmicsTools分析模块填写的文件路径都是不能加双引号的

至此，现在就可以把这个完整的文件路径粘贴到OmicsTools分析软件对应的文件路径参数中了。

2.2 可以在文件管理器中把光标放到我们要分析的文件上面，直接按Ctrl+shift+C快捷键来复制文件的完整路径地址，并按Ctrl+v粘贴到记事本中，然后把文件路径两边的双引号给删除掉，就可以把这个完整的文件路径粘贴到OmicsTools分析软件对应的文件路径参数中了。

OmicsTools分析模块点击提交后没有黑色分析终端窗口弹出或分析窗口弹出后迅速闪退的情况

电脑网络不好或没有网络的情况导致的问题

OmicsTools使用的时候需要网络，用一个网速好的网络，比如用自己的手机热点等网络会好一些，如果电脑完全没有联网或者网络很差也会导致分析异常的情况出现。

部分用户的电脑上的一些目录没有读写权限，导致OmicsTools无法读写这些目录下的文件导致的闪退

这里需要跟D:/omics_tools这个根目录和C:\Users\zihao这两个目录添加读写，执行，修改，完全控制权限

对D盘的omics_tools目录下的电脑用户添加读写权限和完全控制权限具体方法如下：

1. 把鼠标的光标点击放在omics_tools这个根目录上，鼠标右键点击，在弹出的菜单栏中单击属性

在弹出的属性窗口选择安全选项，并修改用户名为Users或你电脑设置的那个用户名的权限，比如我的电脑的用户名是zihao,在有的目录的安全选项可以看到zihao,有的目录没有zihao,但是要有Users，给Users设置的权限能让更多用户都能使用该权限。

没有Users但是有本机用户名称的情况也可以

如果既没有Users也没有本机用户名称，就需要创建一个Users的用户组然后继续给Users设置文件和目录的权限。

因为这里的操作步骤我是录制了详细的视频操作教程，所以，大家可以直接看我的视频教程

部分用户电脑中的360杀毒软件删除了软件中的一些文件导致安装不完全的问题

代做医学生物生信各领域的科研项目分析介绍