数据分析：微生物功能差异分析之Maaslin2
文章目录
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- 介绍
- 加载R包
- 数据链接
- 导入数据
- 数据预处理
- Maaslin2检验
- 输出结果
- 画图
- 系统信息
介绍
Maaslin2（Microbiome Multivariable Associations with Linear Models）是一种用于微生物组学数据的多变量关联分析工具。它的原理和特点如下：
- 多变量关联分析： Maaslin2旨在高效确定临床元数据与微生物组学特征之间的多变量关联。它使用广义线性和混合模型来适应各种现代流行病学研究，包括横截面和纵向设计，以及具有或不具有协变量和重复测量的各种数据类型（例如，计数和相对丰度）。
- 数据预处理和标准化： Maaslin2提供了用于预处理、标准化、转换和数据驱动统计建模的分析模块，以应对微生物多组学的挑战，如组合性、过度分散、零膨胀、可变的文库大小、高维性等。
- 支持多种统计模型： Maaslin2支持多种统计模型，包括计数模型（例如负二项分布）、零调整模型（例如符合泊松分布）、零膨胀负二项式（ZINB）等。它还支持数据的多种归一化/转换方式，如TSS归一化、LOG转换