【生信圆桌x教程系列】如何安装 seurat V5版本R包,最详细安装手册

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一.介绍

Seurat 是一个广泛使用的 R 包，专门用于单细胞基因表达数据的分析与可视化。它主要被生物信息学和生物统计学领域的研究者用来处理、分析和理解单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据。Seurat 提供了一个集成的工作流，帮助研究者从原始的基因表达数据到最终的细胞群体发现和差异分析。

• 数据预处理与质量控制
• 归一化与标准化
• 降维分析
• 聚类与细胞群体发现
• 差异表达分析
• 整合不同数据集
• 基因标记与功能注释

今天我来教大家如何安装Seurat,由于依赖包比较多初次上手安装可能有些些复杂和小状况。不过不用担心,我将手把手教大家如何处理。教程的环境是Linux系统发行版本为Ubuntu。如果您是Windows思路大致是一样的。

二.效果预览

小提琴图

散点图

三.开始安装

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3.1选择版本

你可以访问github,在tags中找到你想要的版本

remotes::install_github("satijalab/seurat", ref = "v5.0.2")

当出现这个页面时候,一般选择3不更新

3.2第一个报错

很快你会遇到第一个报错😂 【要么你是缺少它,要么你是版本过低】

由于你安装Seurat 可能需要一些系统依赖,你可以先提前安装一下。

sudo apt update
sudo apt install -y libssl-dev libcurl4-openssl-dev libxml2-dev

解决报错

## 你需要先安装这个
remotes::install_version("SeuratObject", version = "5.0.2")
## 如果有遇到 spatstat.core 报错你就继续安装这条
remotes::install_version("spatstat.core", version = "v2.3-3")

3.3第二个报错

通常Matrix 版本过低,或者没有你需要安装

devtools::install_version("Matrix",version = "1.6.5")

解决完成第二个报错后,大家需要依次安装 1.SeuratObject 2.Seurat

remotes::install_version("SeuratObject", version = "5.0.2")
remotes::install_github("satijalab/seurat", ref = "v5.0.2")

四.结尾

第一次安装 Seurat 确实可能会遇到一些复杂的情况，尤其是涉及到依赖包和版本兼容性时。不过，通过这个教程，我相信你已经成功安装了 Seurat，迈出了数据分析的第一步！未来在使用 Seurat 进行单细胞 RNA 测序数据分析时，你将能够充分利用它强大的功能，进行降维、聚类、差异表达分析等工作。如果在后续使用过程中遇到任何问题，随时可以查阅文档或者向社区寻求帮助。祝你在数据分析的旅程中取得丰硕的成果，享受探索生物学奥秘的过程！”