R语言森林生态系统结构、功能与稳定性分析与可视化

在生态学研究中，森林生态系统的结构、功能与稳定性是核心研究内容之一。这些方面不仅关系到森林动态变化和物种多样性，还直接影响森林提供的生态服务功能及其应对环境变化的能力。森林生态系统的结构主要包括物种组成、树种多样性、树木的空间分布与密度等。这些结构特征是决定森林功能的基础，例如能量流动、物质循环、生物多样性的维持等生态过程。功能的完整性和效率决定了森林生态系统为人类和其他生物提供的生态服务质量。与此同时，生态系统的稳定性，即其抵御外部干扰和恢复能力，也是当前生态学家关注的重点。稳定性的高低不仅反映森林应对极端气候事件或人类活动干扰的能力，也影响到全球生态平衡。

1、R语言入门

2、群落生态学理论

二：数据获取与处理

1、全球森林生物多样性数据集

FIA（美国森林清查与分析）数据集、FunDivEUROPE、GFBi等全球森林数据源
数据清洗：异常值、错误值、 干扰值（去除种植园、管理干扰以及树木数量少）
2、全球环境数据集
多途径环境协变量的提取：气候、土壤、地形等
R语言提取环境变量/ 网站获取环境变量
三：生物多样性与群落组成分析
1、多样性和均匀度分析
Shannon-Wiener指数、Simpson指数、Pielou均匀度
2、物种组成与生态位分析
聚类分析（Cluster analysis）、 非度量多维尺度分析（NMDS）、主成分分析（PCA）、冗余分析(redundancy analysis, RDA)、典范对应分析(canonical correspondence analysis, CCA)
3、空间格局分析
1)空间自相关与空间点格局分析研究空间数据的相似性，特别是某一现象在空间上的分布模式，了解空间点是聚集分布、均匀分布，还是随机分布。（莫兰指数、Geary’s C、Ripley’s K函数）
2)景观格局指数（Patch Density、Edge Density、Landscape Shape Index等）
3)生态位宽度与重叠度分析
四：机器学习在群落分析中的应用
1、递归特征消除（Recursive Feature Elimination，RFE）逐步保留对模型预测最重要的特征。
2、随机森林算法构建预测模型，并通过参数优化提高预测准确性。
五：路径分析和结构方程模型（SEM）
结构方程模型可以量化变量之间的直接和间接关系。
六：群落稳定性分析
群落稳定性是指群落在面对环境变化、扰动或其他外部压力时，能够保持其结构和功能的能力。群落稳定性通常可以从以下几个方面来衡量：物种组成稳定性、生物多样性稳定性、群落功能稳定性。
1、时间序列分析：方差分析（ANOVA）检验、变异系数量化群落特征时序变化
2、自回归移动平均模型（ARMA）：分析群落结构的时间序列波动。