centos,789使用mamba快速安装R及语言包devtools

如何进入R语言运行环境请参考：Centos7_miniconda_devtools安装_R语言入门之R包的安装_r语言devtools包怎么安装-CSDN博客

在R里面使用安装devtools经常遇到依赖问题，排除过程过于费时，使用conda安装包等待时间长等。下面演示centos,789都是一样的。

下载安装miniconda

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给下载下来的安装文件添加执行权限
sudo bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

配置环境，vi ~/.bashrc 在最后添加下面内容

# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/root/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/root/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/root/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/root/miniconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

运行source ~/.bashrc  使配置生效

可通过修改conda源来提供下载速度。 

cat .condarc

channels:
  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/r/
  
 
show_channel_urls: true
 
default_channels:
  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
 
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud

更新conda

conda update -n base conda

 安装并设置新的求解器

conda install -n base conda-libmamba-solver
conda config --set solver libmamba

 安装mamba

conda install mamba -n base -c conda-forge

 使用mamba代替condao安装R

mamba install -y -c conda-forge r 

 安装devtools之前安装系统依赖包

yum install gcc fontconfig-devel -y
yum install harfbuzz-devel fribidi-devel -y
yum install freetype-devel libpng-devel libtiff-devel libjpeg-devel -y
yum update -y

 按R进入R语言界面安装devtools

install.packages("devtools")

每次首次运行会让选择源，我会选20

如果安装发现源比较慢或有些包下载不下来，可以通过命令调出界面重新选择

chooseCRANmirror(graphics=FALSE)

安装经过一段时间出现如下报错

警告信息:
1: In install.packages("devtools") :
  安装程序包‘httpuv’时退出狀態的值不是0
2: In install.packages("devtools") : 安装程序包‘xml2’时退出狀態的值不是0
3: In install.packages("devtools") :
  安装程序包‘shiny’时退出狀態的值不是0
4: In install.packages("devtools") :
  安装程序包‘pkgdown’时退出狀態的值不是0
5: In install.packages("devtools") :
  安装程序包‘roxygen2’时退出狀態的值不是0
6: In install.packages("devtools") :
  安装程序包‘rversions’时退出狀態的值不是0
7: In install.packages("devtools") :
  安装程序包‘urlchecker’时退出狀態的值不是0
8: In install.packages("devtools") :
  安装程序包‘miniUI’时退出狀態的值不是0
9: In install.packages("devtools") :
  安装程序包‘devtools’时退出狀態的值不是0
> quit()

使用mamba代替condao安装devtools，跟yum安装包一样不支持在2个终端同时运行。

mamba install -y -c conda-forge r-devtools

上面这个一步就安成了

进入R再运行一次安装devtools验证下。

 使用devtool安装github包，如https://github.com/JiaxinYangJX/FLAMINGOrLite/

install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github('JiaxinYangJX/FLAMINGOrLite',ref='HEAD')

是不是很简单呢。