UMLS初探
什么是UMLS
UMLS(Unified Medical Language System,统一医学语言系统),简单来说就是将不同的医学标准统一到一套体系的系统,主要为了医疗系统的统一而构建出的。
UMLS的主要组成部分
- Metathesaurus:一个包含多个医学术语系统的元数据库,旨在统一和映射不同来源的医学概念。
- Semantic Network:一个包含语义分类和关系的网络。它可以帮助用户识别概念之间的语义关系。
- SPECIALIST Lexicon and Lexical Tools:专业词库与词汇工具。
UMLS Metathesaurus元数据库
Metathesaurus 的主要作用是将来自 不同医疗术语系统(如 SNOMED CT、MeSH、ICD-10、LOINC 等)的术语进行标准化和关联,以便实现医学信息的互操作性。
web页面:UMLS Metathesaurus Browser
每个 医学概念 在 Metathesaurus 中都被分配一个 CUI(Concept Unique Identifier)。不同术语系统中的同义术语会被映射到相同的 CUI。此外Metathesaurus里还记录了一些关系类型。
表名 | 作用 |
MRCONSO | 术语表,包含所有概念的不同名称和来源 |
MRSTY | 语义类型表,给出每个 CUI 的语义分类 |
MRREL | 关系表,表示 CUI 之间的关系(如同义、上下位等) |
MRDEF | 概念定义表,包含医学概念的定义 |
MRSAT | 属性表,提供额外的概念属性信息 |
UMLS Semantic Network语义网络
主要记录了不同语义类型及语义关系。web页面:UMLS Metathesaurus Browser
语义类型(semantic type)
用于对 UMLS 概念进行分类。例如:
- Disease or Syndrome(疾病或综合征)
- Pharmacologic Substance(药理物质)
- Body Part, Organ, or Organ Component(身体部位、器官或器官组成部分)
- Diagnostic Procedure(诊断程序)
- ...
每个 UMLS 概念(Concept Unique Identifier, CUI)至少属于一个语义类型。
语义关系(Semantic Relations)
- 语义网络定义了一组有限的 语义关系,用于描述语义类型之间的关系。例如:
- isa(是):表示一种层次关系,如“心脏(Heart) isa 身体部位(Body Part)”。
- part_of(属于):表示部分-整体关系,如“心脏(Heart) part_of 心血管系统(Cardiovascular System)”。
- treats(治疗):如“阿司匹林(Aspirin) treats 心脏病(Heart Disease)”。
- causes(导致):如“病毒(Virus) causes 感染(Infection)”。
- ...
REFERENCE
Unified Medical Language System (UMLS)