Pytorch使用手册-使用 PyTorch 和 TIAToolbox 进行全视野切片图像分类(专题十七)
在本教程中,我们将展示如何使用 PyTorch 深度学习模型和 TIAToolbox 对全视野切片图像(WSI)进行分类。WSI 是通过手术或活检获取的人体组织样本的图像,这些样本经过专门的扫描仪扫描而成。病理学家和计算病理学研究人员利用这些图像在显微水平研究疾病(例如癌症),以了解肿瘤的生长情况,从而帮助改善患者的治疗效果。
处理 WSI 的挑战在于它们的巨大尺寸。例如,一张典型的切片图像约有 100,000x100,000 像素,其中每个像素对应切片上大约 0.25x0.25 微米。这给图像的加载和处理带来了挑战,更不用说单个研究可能需要处理数百甚至数千张 WSI(更大规模的研究往往能带来更好的结果)。
传统的图像处理流程并不适合 WSI 的处理,因此我们需要更好的工具。这就是 TIAToolbox 能发挥作用的地方,它提供了一系列有用的工具,用于快速且计算高效地导入和处理组织切片图像。通常,WSI 被保存为金字塔结构,其中包含同一图像在不同放大级别上的多个副本,这种结构经过优化以便于可视化。金字塔的第 0 级(或底层)包含最高放大或缩放级别的图像,而金字塔中的更高层次则是基础图像的低分辨率副本。金字塔结构如下所示。