组学数据分析实操系列 |（四） 富集气泡图的绘制

前言:在上一篇中，我们介绍了利用Metascape零代码实现富集分析，但是Metascape的富集分析结果是以柱状图的形式展示的。文章中更常使用的富集结果可视化方式是气泡图。气泡图可以通过气泡的坐标、形状、颜色、大小等来展示更加丰富的富集分析结果（如P值、数目、占比、类型等）。如果我们想把上述富集柱状图改为气泡图形式，或者在拿到富集分析结果表格后，经过调整阈值筛选进行重新绘图，该如何操作呢？

今天给大家介绍三款实现富集分析结果可视化的绘图工具：微生信、ImageGP和SangerBox网站。这些工具提供了丰富的可视化选项，据以优化(富集) 分结果的展现形式，方便读者更好地理解和解释数据。

方式一：

微生信绘制气泡图

01数据获取

以Metascape富集分析结果为例，如下图所示：在Metascape网站完成富集分析后，点击Analysis Report Page，跳转至结果页面，找到Pathwayand Process Enrichment Analysis，复制以下表格，粘贴至Excel表格。

02登录微生信网站

在浏览器中输入微生信网址（http://www.bioinformatics.com.cn），在网页右上角注册后登录。

03单击左列的GO，Pathway图，选择多类型气泡图。

04数据格式转化及可视化

上一步点击后的页面分为两个部分，左边用于粘贴数据和调整参数，右边是对数据输入格式的说明。其中调整参数的部分大家可以参考下方的示例图。

而粘贴数据之前需要先点击页面右侧“输入：示例数据”，查看数据格式的标准示例，然后根据示例将第一步得到的数据进行调整，一般需要调整以下内容（原始条目——调整后的条目）：Category → Class，Description → Description，% → Generatio，Count → Count，Log10(P) → 通过公式power(10, Log10(P))进行转化得到pvalue。

完成输入数据、调整参数后，点击提交。等待几秒后，右侧便会出现结果气泡图，在下载处点击所需的文件格式就可以啦。

05其他形式的富集结果图

除了上述“多类型气泡图”的形式外，该网站工具还提供了其它的富集分析结果可视化方式，下图展示的是其中两种形式。其操作方法类似，大家可以根据需求和喜好进行选择。

方式二：

SangerBox

01访问SangerBox网站（http://sangerbox.com/home.html），注册后登录。

02开始绘制气泡图

首先点击生信工具盒——工具列表——定制化气泡图绘制工具，进入绘制气泡图页面。

接下来在表格区域输入数据，注意这个数据的信息排布与前一个工具有所不同，第一列YData输入富集途径（Description），第二列输入GeneRatio，第三列点大小输入Count，第四列点颜色输入P值，第五列点类型输入Class。

最后根据实际需求调整绘图参数，如点的大小、点的颜色、点的形状、背景风格。点击立即提交，开始绘制气泡图。

03导出气泡图

于页面下方导出图片处导出气泡图，在导出之前，可在设置长宽处调整图片的长度和宽度，在自定义渐变处调整颜色。

方式三：

ImageGP

01登录ImageGP网站

网站地址：http://www.ehbio.com/ImageGP/index.php/Home/Index/Scatterplot.html

02开始绘制气泡图

点击GO Enrichmentplot，进入以下页面，页面上方显示数据格式Datamatrix，并提示如何选择必要参数。

操作步骤：

• 粘贴数据至下方白色框中

• 在Essential parameters（必选）区域选择相应的参数变量

• 在Layout（选填）区域可以改变图注的位置

• 在Modify plot titles（选填）区域可以输入X、Y轴名称

• 在Picture attributes（选填）改变图片大小

• 右下角点击Plot进行绘图

• Plot area可预览及下载富集气泡

以上就是实现富集分析结果可视化的工具介绍啦，操作都很简单，小伙伴可以自己试一试，如果有问题的话可以联系我们哦！

参考文献

1.Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y. SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236.

2.Chen T. et al. 2022. ImageGP: An easy-to-use data visualization web server for scientific researchers. iMeta 1: e5.

3.Shen, et al. 2022. Sangerbox: A comprehensive, interaction-friendly clinical bioinformatics analysis platform. iMeta 1(3): e36.