蛋白分析工具和数据库
UniProt(Universal Protein Resource)是一个综合性的蛋白质数据库,提供了全球范围内已知的蛋白质序列和功能信息。其中,UniProtKB(UniProt Knowledgebase)是最核心的组成部分,包含了经过注释和分类的蛋白质序列和功能信息。它提供了详细的蛋白质注释,包括序列特征、结构域、功能、亚细胞定位、酶活性等。
UniProtKB分为三个子数据库:UniProtKB/Swiss-Prot、UniProtKB/TrEMBL和UniProtKB/PIR。其中,UniProtKB/Swiss-Prot是手工注释的高质量蛋白质数据库,提供了丰富的注释信息;UniProtKB/TrEMBL是通过自动注释和预测获得的蛋白质数据库,注释水平相对较低;UniProtKB/PIR是由Protein Information Resource(PIR)提供的蛋白质数据库。
工具链接:
https://www.uniprot.org/
此外,使用UniProt进行亚细胞定位预测的方法很简单,除了直接通过关键词(如蛋白id、基因名等)查询蛋白信息之外,也可以使用蛋白序列,通过BLAST(如下)的方式找到对应蛋白的信息。