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Django项目开发的网站展示来自fasta文件的蛋白质名称和序列的可视化表格

article 2025/2/27 21:24:58

1. 项目初始化

首先，确保你已经安装了 Django。然后创建一个新的 Django 项目和应用：

django-admin startproject protein_project
cd protein_project
python manage.py startapp protein_app

在 protein_project/settings.py 中，将 protein_app 添加到 INSTALLED_APPS 列表中：

INSTALLED_APPS = [
    # ...
    'protein_app',
]

2. 数据处理和模型定义

在 protein_app/models.py 中定义一个模型来存储蛋白质信息：

from django.db import models

class Protein(models.Model):
    name = models.CharField(max_length=200)
    sequence = models.TextField()

    def __str__(self):
        return self.name

运行以下命令来创建数据库表：

python manage.py makemigrations
python manage.py migrate

3. 读取 FASTA 文件

在 protein_app/utils.py 中编写一个函数来读取 FASTA 文件：

def read_fasta_file(file_path):
    proteins = []
    with open(file_path, 'r') as file:
        name = None
        sequence = ''
        for line in file:
            if line.startswith('>'):
                if name is not None:
                    proteins.append({
   'name': name, 'sequence': sequence})
                name = line[1:].strip()
                sequence = ''
            else:
                sequence