科研绘图系列:R语言富集通路棒棒图(lollipop plot)
介绍
在进行基因本体(Gene Ontology, GO)富集分析的结果可视化时,我们采用了棒棒图(lollipop Chart)作为展示手段。在此图表中,X轴展示的是负对数转换后的FDR(False Discovery Rate)值,即log10FDR,用于表示统计显著性的大小。每个点在X轴上的位置对应了其FDR值的大小,而Y轴通常用来表示富集到的GO术语或通路。通过这种图形表示,我们可以直观地识别出在统计意义上显著富集的生物学过程、分子功能或细胞组分。
加载R包
导入所需要的R包,在导入前需要用户自己安装。
library(dplyr)
library(stringr)
library(ggplot2)
library(ggpubr)
# rm(list = ls())
options(stringsAsFactors = F)
options(future.globals.maxSize = 1000 * 1024^2)
导入数据
单细胞Seurat<