【nnUNet】环境安装

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前言

本文分享医疗分割模型nnUNet的环境安装教程，希望对各位小伙伴有所帮助！

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1. 安装Python & Pytorch

        安装过程参考：PIP安装Pytorch_pip pytorch]-CSDN博客

        安装完成后，检查Pytorch的GPU版本是否可用。        

        在输出为true时，表示可用 。

2. 安装nnUNet

        下载源码：https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet.git

         在nnUNet文件目录，运行Cmd命令安装        

        ...\nnUNet>pip install -e .

        安装成功

    Successfully built nnunetv2 batchgeneratorsv2
    Installing collected packages: argparse, einops, fft-conv-pytorch, batchgeneratorsv2,             nnunetv2
      Attempting uninstall: nnunetv2
        Found existing installation: nnunetv2 2.4.2
        Uninstalling nnunetv2-2.4.2:
          Successfully uninstalled nnunetv2-2.4.2
    Successfully installed argparse-1.4.0 batchgeneratorsv2-0.1.1 einops-0.8.0 fft-conv-            pytorch-1.2.0 nnunetv2-2.5

3. 设置环境变量

set nnUNet_raw=.../nnUNet/nnUNet_raw
set nnUNet_preprocessed=.../nnUNet/nnUNet_preprocessed
set nnUNet_results=.../nnUNet/nnUNet_results

        使用时替换为自己的路径。

4. 训练测试

• 下载训练集

        下载百度飞桨平台数据集：

        Task04_Hippocampus_数据集-飞桨AI Studio星河社区 (baidu.com)

• 数据集格式转化

    nnUNetv2_convert_MSD_dataset -i .../nnUNet/nnUNet_raw/Task04_Hippocampus

• 数据预处理

    nnUNetv2_plan_and_preprocess -d 04 --verify_dataset_integrity

        处理完成后，nnUNet_preprocess文件夹下出现处理好的数据

• 训练

        训练，nnunet默认使用五折交叉验证训练，这里只训练一折：

nnUNetv2_train 120 2d 0 

训练起来了，如下图（hiddenlayer我没有安装，没有影响）：

可以用nvidia-smi查看显存占用：

nnunet安装成功

参考链接：【nnUNetv2实践】一、nnUNetv2安装-CSDN博客

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