PDB数据库数据查看和下载
RCSB(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics)的PDB(Protein Data Bank)数据库是一个具有全球性影响力的科学数据库,主要用于存储和分享生物大分子(主要是蛋白质、核酸以及部分多糖)的三维结构信息。
网址:RCSB PDB: Homepage
1. PDB 数据库统计
RCSB PDB 提供了一个官方的统计页面,可以查看当前数据库中收录的结构数据的统计信息。你可以访问:
- RCSB PDB Statistics: PDB Statistics
- 该页面提供了有关存储结构数量的统计,如每年新增的结构、不同生物大分子的结构分类(如蛋白质、核酸、复合体等)以及其他有用的统计信息。
2. 下载PDB ID 总列表
PDB - FTP Archive over HTTP
wget https://files.rcsb.org/pub/pdb/derived_data/pdb_entry_type.txt
文件内容
每行包含一个 PDB ID 和它的分子类型(如 prot
表示蛋白质结构)。
3. 使用 Biopython 获取 PDB ID 列表
如果希望通过脚本自动获取 PDB ID 列表,可以使用 Biopython 的 PDBList
模块:
from Bio.PDB import PDBList
pdb_list = PDBList()
# 获取所有 PDB IDs
pdb_ids = pdb_list.get_all_entries()
print(pdb_ids[:10]) # 打印前10个PDB ID
4. 下载PDB 结构的详细元数据
PDB - FTP Archive over HTTP
wget https://files.rcsb.org/pub/pdb/derived_data/index/entries.idx
5. 下载PDB 结构的序列信息
wget https://files.rcsb.org/pub/pdb/derived_data/pdb_seqres.txt.gz