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RNA-seq通用代码-生物信息学pipeline001

article 2025/2/22 5:36:45

转录组定量是一切的基础！

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hisat2安装与使用（v2.2.1）bioinfomatics tools 33-CSDN博客

StringTie v2.2.3安装与使用-生物信息学工具25_stringtie下载-CSDN博客

## alignment
fastp -i sample.R1.fastq.gz -I sample.R2.fastq.gz -o sample.r1.fq.gz -O sample.r2.fq.gz --detect_adapter_for_pe -w 4 --compression 9 -h sample.html -j sample.json 


hisat2 -x genome -p 8 -5 10 --min-intronlen 20 --max-intronlen 4000 -1 sample.r1.fq.gz -2 sample.r2.fq.gz 2> sample.hisat2.log | samtools view -bS -q 20 -@ 8 | samtools sort - -o sample.sorted.bam

## reads count
featureCounts -T 16 -t 'CDS' -p -P -B -C -g 'gene_id' -a genome.gtf -o feacount.txt *.sorted.bam

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