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Mac下载安装MIMIC-IV 3.0数据集

article 2024/10/30 9:45:43

参考blog

MIMIC IV 3.0数据库安装方法_mimic数据下载-CSDN博客

MIMIC IV数据库安装（二）_mimic数据库安装-CSDN博客

MIMIC-IV3.0安装_mimic iv 3.0-CSDN博客

MIMIC-IV-v2.0安装教程_mimic iv 安装教程-CSDN博客

MIMIC IV 3.0数据库安装方法或者思路，其实和MIMIC IV 2.2没有区别。

硬件要求：

下载的zip 文件7G多，解压后10G多（folder中还是压缩文件），导入数据库占用空间快70G。

获取MIMIC 权限

MIMIC IV 3.0数据库安装方法_mimic数据下载-CSDN博客

下载MIMIC-IV数据集

MIMIC IV 3.0数据库安装方法_mimic数据下载-CSDN博客

下载 & 安装 PostgreSQL

MIMIC IV数据库安装（上）

MIMIC IV数据库安装（一）_mimic数据库-CSDN博客

MIMIC数据库安装保姆级教程（上）

MIMIC数据库的安装环境主要是Postgresql数据库软件和7z解压软件。官方建议把MIMIC IV数据库安装到Postgresql数据库，虽然国内目前也有人安装到SQL Server数据库，但是实在是非常非常小众，不建议这样做。否则到时拿到其他人代码来执行提取，都不能保证通用。毕竟全世界国内外大都是用Postgresql来安装的。

原文链接：https://blog.csdn.net/idata01/article/details/141034352

需要记录下输入的passcode，后面需要。

安装PostgreSQL，注意，进入命令界面一直回车，直到出现提示输入密码。

前面四个提示不用管。

Mac下载 & 安装 7zip

Mac下载并使用7zip_7zip mac-CSDN博客

Mac下载7zip很简单。

但是Mac安装7zip较为麻烦。需要借助brew。

download brew

Mac安装brew （一行代码，绝对不报错）_mac安装brew失败-CSDN博客

直接在cmd中输入

/bin/zsh -c "$(curl -fsSL https://gitee.com/cunkai/HomebrewCN/raw/master/Homebrew.sh)"

install 7zip

brew install p7zip

似乎不用像windows系统那样配置环境变量。

直接在cmd中输入

which 7zip

如出现 /opt/homebrew/bin/7z，则表示配置成功。

下载MIMIC-IV安装代码

MIMIC IV数据库安装（二）_mimic数据库安装-CSDN博客

https://github.com/MIT-LCP/mimic-code

MIMIC官方有提供安装的代码，从github下载即可。本地解压。

不同的MIMIC版本，对应code不同。

安装MIMIC-IV-3.0数据库

MIMIC IV数据库安装（中）

MIMIC-IV3.0安装_mimic iv 3.0-CSDN博客

MIMIC IV数据库安装（二）_mimic数据库安装-CSDN博客

MIMIC-IV-v2.0安装教程_mimic iv 安装教程-CSDN博客

MIMIC数据库安装保姆级教程（下)

（1）打开PostgreSQL，进入启动PostgreSQL Shell

（2）创建数据库mimiciv

DROP DATABASE IF EXISTS mimiciv;
CREATE DATABASE mimiciv OWNER postgres;

（3）数据库创建表 (注意文件路径替换为自己数据的所在路径)。

\c mimiciv
\set mimic_data_dir 'F:/mimic/mimic-iv-1.0'
\encoding 'utf8'

\i F:/mimic/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/create.sql

（4）加载数据。 (注意文件路径替换为自己数据的所在路径)。

\i F:/mimic/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/load_7z.sql

如出现上面结果，则表示正常安装。整个install过程较慢。

数据便导入完成了，最后一步安装完索引即可。

（5） build index

# 安装索引
 \i .../build_mimiciv-2.0/index.sql

MIMIC-IV 3.0提取数据

MIMIC IV 3.0数据库安装方法_mimic数据下载-CSDN博客

提取数据是大家安装MIMIC IV 3.0数据库的终极需求，这里我给大家一点建议。我看很多人还是使用pgadmin来提取数据，我知道造成情况的原因是视频教程里用了pgadmin来做演示数据提取，但是实际上这个pgadmin使用体验上比较槽糕，界面也不太友好。我建议大家使用Navicat来提取，Navicat是一款商业数据库可视化工具，目前个人版已经免费了，旗舰版也有很多方法可以使用。Navicat在界面友好，代码运行性能，操作功能等等方面都值得大家去用。当然无论是用pgadmin还是Navicat，SQL代码是通用的，不会因为使用的SQL工具不一样，代码就会不同。

原文链接：https://blog.csdn.net/idata01/article/details/141034352