数据分析：宏基因组Beta diversity分析adonis2metaMDS
禁止商业或二改转载，仅供自学使用，侵权必究，如需截取部分内容请后台联系作者!
文章目录
-
- 介绍
- 加载R包
- 准备画图主题
- 数据链接
- 导入数据
- Beta diversity （"No-BP", "2BP"： bray）
- Beta diversity （"No-BP", "2BP"： Jaccard）
- TA 2BP vs no BP - steroid by number of days
- TA 2BP vs no BP - Bray, by vent days
- TA 2BP vs no BP - covariate SC2 viral load
- TA 2BP vs no BP - Bray, covariate bacterial bacterial_mass
- 2BP NS vs TA
- 2BP NS vs TA
- 系统信息
介绍
Beta多样性（Beta diversity）是指群落组成变化的程度，或群落分化的程度，与环境的复杂梯度或环境的模式有关。它反映了样本间的相对差距，针对的是样本之间的差异（Between Samples），与Alpha多样性（样本内部的多样性）相对。Beta多样性不仅可以反映样本之间的多样性距离关系，而且还可以反映生物群落之间的分化程度。
在宏基因组Beta多样性分析中，betadisper、adonis2和metaMDS这三个函数分别用于不同的分析目的：
- betadisper：
betadisper函数用于分析多变量组分散度（方差）的同质性，是Marti Anderson的PERMDISP2程序的实现。它类似于Levene’s test，用于评估不同组之间的beta多样性。通