代谢组数据分析（二十一）：通过MetaboAnalystR标准化构建sPLSDA预测模型
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文章目录
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- 介绍
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- MetaboAnalystR标准化
- sPLSDA分析
- 安装需要的R包
- 加载R包
- 导入数据
- MetaboAnalystR标准化
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- 数据初始化
- 数据清洗
- 数据补足
- 数据过滤
- 数据标准化
- 导出结果
- sPLSDA分析
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- 导入数据
- 数据预处理
- PCA分析
- PLS-DA分析
- sPLS-DA分析
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- 调节参数
- 最终模型
- 评估模型效果
- 代谢物选择
- sPLS-DA图
- 系统信息
介绍
本教程集合MetaboAnalystR包数据标准化以及mixOmics的sPLSDA分析两个功能，详细介绍R代码复现的案例。
MetaboAnalystR标准化
MetaboAnalystR 是一个基于R语言的开源工具包，用于代谢组学数据分析。在处理代谢组数据时，它有一套自己的流程，其中最开始的步骤是构建 InitDataObjects 数据对象。以下是使用 MetaboAnalystR 进行数据预处理的详细流程：
- 在数据上传到 MetaboAnalystR 之后，需要进行数据的预处理工作，这包括数据完整性检测、数据标准化和中心化等转化，以准备进入下游分析。
- 数据预处理的具体步骤可能包括：
- 数据清洗：去除缺失值或异常值。
- 数据补足：补充缺失值。
- 数据标准化：使数据具有可比性，例如通过归一化或标准化处理。