三代PacBio HiFi SV检测工具的安装

三代PacBio HiFi SV检测工具的安装

• 这里主要介绍两个安装及运行比较麻烦的两个SVs检测工具，分别是SVision和PAV。
• 常用的针对PacBio Hifi的软件如有PBSV，CuteSV，Sniffles等，都可以直接用conda安装。

1. SVision 安装及运行

• GitHub地址
• 这里我将从From source开始安装SVision。

1. 跟随GitHub上的说明安装

## Get latest source code
git clone https://github.com/xjtu-omics/SVision.git
cd SVision

## Create conda environment and install SVision 
conda env create -f environment.yml
python setup.py install

2. Debugging

• 如果1.安装一切顺利，及可以跳过这里
• 如果安装不顺利，主要在于conda env create -f environment.yml这一步，可能由于pip的安装问题导致失败。
• 解决方法：
  • 我们可以进入未完全搭建好的svisionenv (conda activate svisionenv), 然后手动安装pip, 这里我们可以优先安装比较难装的python包，如opencv-python-headless，tensorflow1.14.0等，最后我们要注意对应的numpy版本，这里tensorflow1.14.0需要的是numpy1.16.4。如果numpy版本不对，可以pip移除，然后直接在/path/conda//envs/sivisionenv 目录下进行删除numpy，再重新安装numpy1.16.4。
• 最后便再执行一遍python setup.py install

3. 测试

• 1. 测试数据准备，根据GitHub上的说明下载CNN model数据
• 2. 运行测试命令

mkdir /path/to/svision_out
SVision -o /path/to/svision_out -b /path/to/bamfile -m /home/user/svision_model/svision-cnn-model.ckpt -g /path/to/reference.fa -n HG00733 -s 5 --graph --qname

2. PAV 安装及运行

• GitHub地址
• 这里主要安装Native PAV，及snakemake运行的PAV
• 1. 跟随GitHub上的NATIVE_INSTALL.md安装

git clone --recursive https://github.com/EichlerLab/pav.git
# Install dependencies
pip install 
    BioPython
    intervaltree
    matplotlib
    numpy
    pandas
    pysam
    scipy

conda install
    minimap2 (default aligner)
    lra (optional alternate aligner)
    samtools
    bedToBigBed (optional, from UCSC browser tools)

• 2. 测试运行：根据EXAMPLE.md 进行下载example数据，并运行测试命令

mkdir assemblies

wget ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data_collections/HGSVC2/working/20221202_PAV_Example/* -P assemblies/

mkdir hg38_no_alt

wget ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data_collections/HGSVC2/technical/reference/20200513_hg38_NoALT/* -P hg38_no_alt/

• 随后我们建一个工作目录，将git clone下的pav文件夹中的assemblies.tsv和config.json(可以用find命令搜索)复制到该目录下，并将下载的数据assemblies和hg38_no_alt文件夹中的文件移动到该目录下。
• 运行命令：

conda activate 激活环境
smk=/path/to/git/clone/pav/Snakefile   # git clone下pav文件夹中的Snakefile路径
snakemake -pks $smk -c 64 

• 3. 注意：
  • 1. 这里的测试数据是HG00733，如果要测试其他数据，需要下载对应参考序列和bam文件，并修改assemblies.tsv和config.json中的data_dir和reference_dir。
  • 2. 这里的测试命令中-c 64表示使用64核运行，根据自己的机器配置调整。