数据分析：蛋白质组的GO term的富集分析详解
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文章目录
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- 介绍
- 加载R包
- 数据下载
- 导入数据
- 数据预处理
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- 转换基因ID
- 筛选差异蛋白质
- HD5 vs ctrl top 50
- 富集分析
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- GO:CC组份分析
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- 比较组: HD5 vs CTR & HD5 vs Suramin + HD5
- 画图
- GO:MF组份分析
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- 比较组: HD5 vs CTRL
- 画图
- 总结
- 系统信息
介绍
蛋白质的GO（Gene Ontology）term富集分析是一种用于揭示蛋白质功能注释和生物学意义的重要方法。该分析流程通常包括以下几个关键步骤：
- 获取蛋白质对应的基因名称：首先，需要收集目标蛋白质的序列信息或相关数据，并通过生物信息学工具或数据库将其转换为对应的基因名称。这一步骤是基础，确保后续分析能够准确关联到具体的基因。
- 基因ID转换为ENTREZID：在获得基因名称后，利用专门的数据库或在线工具（如NCBI的Gene数据库）将基因名称转换为标准化的ENTREZID。ENTREZID是一种广泛使用的基因标识符，能够确保基因信息的准确性和一致性，便于后续的分析和数据整合。
- 筛选不同组的表达基因：基于实验设计，对不同处理组或条件下的样本进行转录组测序或其他相关实验，获取基因表达数据。通过差异表达分析（如使用DE