当前位置: 首页 > article >正文

(视频教程)Compass代谢分析详细流程及python版-R语言版下游分析和可视化

不想做太多的前情解说了,有点累了,做了很久的内容,包括整个分析,从软件安装和报错解决到后期下游python版-R语言版下游分析和可视化!单细胞代谢分析我们写过很多了,唯独少了最“高级”的compass,有很多小伙伴需要,终于出了!我们的教程有什么:
1、compass软件安装-主要是解决安装error-以及一些依赖软件问题cplex。
2、分析流程测试,包括正常的分析和micropooling的测试。
3、python版下游分析及可视化。
4、有些小伙伴不会用python或者不习惯,所以出了R版的下游分析及可视化。
5、所有流程有分段视频解说。

Compass是一篇cell文章提出的方法,单细胞、bulk中都可以进行分析。具体请阅读:Wagner et al., 2021, Cell 184, 4168–4185August 5, 2021 ª 2021 Elsevier Inc.https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.05.045,Metabolic modeling of single Th17 cells revealsregulators of autoimmunity。

Github:GitHub - YosefLab/Compass: In-Silico Modeling of Metabolic Heterogeneity using Single-Cell Transcriptomes.
官网也给出了详细的教程和解释!

主要可视化是复现Cell文章中的图:


http://www.kler.cn/a/568138.html

相关文章:

  • 从零基础到通过考试
  • 基于大数据的家用汽车推荐系统(源码+lw+部署文档+讲解),源码可白嫖!
  • 【星云 Orbit-F4 开发板】03g. 按键玩法七:矩阵键盘单个触发
  • 网络安全员证书
  • 基于Java+Jsp+SpringMVC漫威手办商城系统设计和实现
  • 达梦:内存相关参数
  • SQL命令详解之增删改数据
  • 使用 Spring Boot 和 Keycloak 的 OAuth2 快速指南
  • MyBatis中是如何对占位符进行赋值的?
  • 【Unity】AI Navigation自动寻路(导航)功能
  • Android15 Camera HAL Android.bp中引用Android.mk编译的libB.so
  • 前端请求乱序问题分析与AbortController、async/await、Promise.all等解决方案
  • 科技快讯 | DeepSeek繁忙次数少了;阿里Qwen团队发布新推模型QwQ;微信PC端可以收好友红包了
  • 从Java到MySQL8源码:深入解析PreparedStatement参数绑定与执行机制
  • 从实测看声网:用技术重构直播,为电商创业赋能
  • 用Python之requests库调用大型语言模型(LLM)API的流式输出与非流式输出比较
  • 浅谈人工智能之Windows安装llama factory
  • 内容中台与企业内容管理架构解析
  • 每天一个Flutter开发小项目 (5) : 专业Flutter导航与路由 - 构建精美菜谱应用
  • TCP和UDP协议比较