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在Linux系统上集成OpenSlide与SpringBoot

article 2025/3/9 11:22:13

本文档详细介绍如何在Linux系统上安装OpenSlide并将其与Spring Boot应用程序集成，以实现数字病理切片的处理和查看功能。

OpenSlide简介

OpenSlide是一个开源的C语言库，用于读取全幻灯片图像（Whole Slide Images，WSI）。它提供了一个简单的接口，可以读取多种格式的数字病理切片，包括Aperio、Leica、Hamamatsu、MIRAX等格式。OpenSlide支持多分辨率访问，允许应用程序高效地读取大型图像的特定区域。

在Linux上安装OpenSlide

根据不同的Linux发行版，安装OpenSlide的命令略有不同：

Debian/Ubuntu系统

# 安装OpenSlide工具和库
sudo apt install openslide-tools libopenslidejava

Fedora系统

# 安装OpenSlide工具和库
sudo dnf install openslide-tools

CentOS/RHEL系统

# 首先安装EPEL仓库
sudo yum install epel-release

# 然后安装OpenSlide工具和库
sudo yum install openslide-tools

Arch Linux系统

sudo pacman -S openslide

安装完成后，可以通过以下命令验证安装是否成功：

openslide-show-properties 样本切片文件.svs

安装OpenSlide Java绑定

OpenSlide提供了Java绑定，使Java应用程序能够使用OpenSlide的功能。在Linux系统上安装OpenSlide Java绑定有两种方法：

方法1：使用包管理器安装

在Debian/Ubuntu系统上：

sudo apt install libopenslidejava

方法2：从源代码构建

如果您的系统没有提供预编译的OpenSlide Java包，可以从源代码构建：

克隆OpenSlide Java仓库：

git clone https://github.com/openslide/openslide-java.git
cd openslide-java

使用Ant构建项目：

# 安装Ant（如果尚未安装）
sudo apt install ant  # Debian/Ubuntu
sudo yum install ant  # CentOS/RHEL
sudo dnf install ant  # Fedora
brew install ant      # macOS (使用Homebrew)

# 构建项目
ant jar

构建完成后，您将在项目目录中找到openslide.jar文件。

在Spring Boot项目中集成OpenSlide

步骤1：创建Spring Boot项目

使用Spring Initializr或您喜欢的IDE创建一个新的Spring Boot项目。

步骤2：添加依赖

在pom.xml文件中添加本地OpenSlide Java依赖：

<dependency>
    <groupId>org.openslide</groupId>
    <artifactId>openslide</artifactId>
    <version>3.4.1</version>
    <scope>system</scope>
    <systemPath>/path/to/openslide.jar</systemPath>
</dependency>

<!-- 添加其他必要的Spring Boot依赖 -->
<dependency>
    <groupId>org.springframework.boot</groupId>
    <artifactId>spring-boot-starter-web</artifactId>
</dependency>

或者，如果您已将OpenSlide Java安装到本地Maven仓库：

mvn install:install-file -DgroupId=org.openslide -DartifactId=openslide -Dversion=3.4.1 -Dpackaging=jar -Dfile=/path/to/openslide.jar

然后在pom.xml中添加：

<dependency>
    <groupId>org.openslide</groupId>
    <artifactId>openslide</artifactId>
    <version>3.4.1</version>
</dependency>

步骤3：配置应用程序

在application.yml或application.properties中添加OpenSlide相关配置：

# OpenSlide相关配置
open-slide:
  img-size: 256  # 切割的图片像素大小
  img-type: jpg  # 切割的图片类型
  temp-dir: /tmp/openslide  # 临时文件目录

步骤4：创建OpenSlide工具类

package com.example.demo.util;

import lombok.extern.slf4j.Slf4j;
import org.openslide.OpenSlide;
import org.springframework.beans.factory.annotation.Value;
import org.springframework.stereotype.Component;
import org.springframework.web.multipart.MultipartFile;

import javax.annotation.Resource;
import javax.imageio.ImageIO;
import java.awt.*;
import java.awt.image.BufferedImage;
import java.io.ByteArrayOutputStream;
import java.io.File;
import java.io.IOException;
import java.util.*;

@Slf4j
@Component
public class OpenSlideUtil {
   

    @Value("${open-slide.img-type}")
    private String imgType;

    @Value("${open-slide.img-size}")
    private Integer imgSize;
    
    @Value("${open-slide.temp-dir}")
    private String tempDir;

    private static boolean OPENSLIDE_UNAVAILABLE = false;

    private static final String osName = System.getProperty("os.name");

    static {
   
        try {
   
            if (osName.startsWith("Linux")) {
   
                log.info("检测到当前系统为：Linux");
                System.loadLibrary("openslide-jni");
                log.info("openslide-jni 加载成功");
            } else if (osName.startsWith(