Java实现Fisher‘s Exact Test 的置信区间的计算
实现代码
package com.bgi.aigi.common.utils;
public class FisherExactUtils {
public static double[] getConfidenceInterval(double[][] data) {
if (data==null||data.length!=2||data[0].length!=2||data[1].length!=2) {
return null;
}
double[] interval=new double[2];
double a=data[0][0];
double b=data[0][1];
double c=data[1][0];
double d=data[1][1];
double r= (a / c) / (b / d);
double cinit = Math.sqrt((1 / a) + (1 / b) + (1 / c) + (1 / d));
double y = Math.log(r) - (1.96 * cinit);
double z = Math.log(r) + (1.96 * cinit);
y = Math.exp(y);
z = Math.exp(z);
y = Math.round(y * 10000d) / 10000d;
z = Math.round(z * 10000d) / 10000d;
interval[0]=y;
interval[1]=z;
return interval;
}
public static double getOddsRatio(double[][] data) {
if (data==null||data.length!=2||data[0].length!=2||data[1].length!=2) {
return Double.NaN;
}
double a=data[0][0];
double b=data[0][1];
double c=data[1][0];
double d=data[1][1];
return (a / c) / (b / d);
}
public static void main(String[] args) {
double[][] data= {{4,20},{1,80}};
System.out.println("下限:"+getConfidenceInterval(data)[0]);
System.out.println("上限:"+getConfidenceInterval(data)[1]);
System.out.println(getOddsRatio(data));
}
}
说明
这段算法是从一个网站(https://www.easycalculation.com/statistics/odds-ratio.php)源码中发现,仅仅是php转换成了java。
我没有找到具体的公式说明,包括计算fisher exact的置信区间公式是什么,为什么这样计算等等,有知道的朋友也欢迎指出,提前感谢。