Rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用

第一天

内容

主要知识点

• 从蛋白质折叠到蛋白质设计

教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。

1. 蛋白质折叠与结构预测简介
   1. 主链二面角与二级结构
   2. 侧链堆积与三级结构
2. 蛋白质设计简介
   1. 蛋白质设计的分类及应用

•  Rosetta基础

三. 蛋白质结构viewer 、Linux和Python基础

教学目标：能够使用vim编辑器简单编辑文件，能够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。

1. Pose/mover/scorefunction
2. LINUX 入门命令
   1. 用户属组及权限 目录文件属性
   2. LINUX基础命令 环境变量
   3. shell常用命令练习
   4. conda介绍

• 结构扰动与结构优化

五．序列设计

PackRotamer和FastDesign

教学目标：了解Rosetta封装好的应用（以relax为例）和RosettaScript编写应用（以pack/min/pack为例）。

1. Minmover,  MC Mover, Fastrelax mover

5.1 Movemap

1. RosettaScript组成和要素

6.1 Filter ResidueSelector 

TaskOperation

6.2 DSSP/Disulfidize Mover

第二天

内容

主要知识点

六. 蛋白-蛋白对接基础

  教学目标：了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。

1. Translat和rotation mover
   1. Low resolution的全局搜索
   2. High resolution的精细调整
   3. FoldTree

七. 抗体设计

教学目标：熟悉抗体模型预处理流程, 掌握RAbD常用命令

1. 抗体结构文件的处理
   1. PyIgClassify
   2. 抗体抗原对接模型
   3. CDR区优化
   4. Framework区优化

案例实践：

• SSD和MSD设计任务

八. CartisenDDG 突变扫描

九. RosettaScript应用

教学目标：熟悉RosettaScript开发流程，了解序列与结构设计原理，完成从头蛋白质设计的操作练习。

1. 序列与结构设计
   1. Input和Output flags控制输入输出
   2. CleanAtom结构预处理
   3. ROSETTACLASH.LOG和   RosettaCommons
   4. ResFile等辅助文件
   5. 小改中改与大改
   6. 练习答疑

案例实践：

• FastDesign设计任务