科研绘图系列:R语言富集火山图和通路图(volcano plot pathway)
介绍
火山图是一种用于可视化基因表达差异的分析工具,它通过二维坐标系展示基因的表达量变化和统计显著性。该图谱的x轴表示基因表达的对数变化,而y轴表示其统计显著性。利用火山图,研究者能够快速识别出在不同条件下显著差异表达的基因。
随后,通过KEGG数据库提供的通路图,研究者可以进一步分析这些差异表达基因在生物学通路中的富集情况。KEGG数据库是一个包含丰富基因和蛋白质信息的资源,涵盖了代谢、疾病、细胞过程和生态等多种类型的生物学通路。通过将这些基因与KEGG通路图相结合,研究者能够深入理解基因在特定生物学过程中的作用及其相互之间的联系。
加载R包
导入所需要的R包,在导入前需要用户自己安装。
library("tidyverse")
library("magrittr")
library("ComplexHeatmap")
library("circlize")
library("pathview")
# rm(list = ls())
options(stringsAsFactors = F)
options(future.globals.maxSiz