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biopython解析mmcif文件得到组装体、链、序列、原子坐标、变换矩阵等信息

article 2024/11/14 19:31:42

使用 Biopython 解析 .mmCIF 文件可以提取出蛋白质结构的相关信息，包括模型（model）、链（chain）、序列、原子坐标以及可能存在的变换矩阵。以下是一个完整的示例代码，展示如何使用 Biopython 的 MMCIFParser 解析 .mmCIF 文件，并提取这些信息。

示例代码

from Bio.PDB import MMCIFParser
from Bio.SeqUtils import seq1
import numpy as np

# 解析 mmCIF 文件
def parse_mmcif(file_path):
    parser = MMCIFParser(QUIET=True)
    structure = parser.get_structure('structure', file_path)
    
    models_data = []
    
    for model in structure:
        model_data = {'model_id': model.id, 'chains': []}
        
        for chain in model:
            chain_data = {'chain_id': chain.id, 'residues': [], 'atoms': []}
            
            for residue in chain:
                if residue.id[0] == ' ':  # 确保是标准残基
                    try:
                        # 提取序列信息，使用 seq1 函数将三字

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