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py-mmcif提取结构解析的方法、提交日期以及pdb ID等

article 2024/9/29 9:08:27

要使用 py-mmcif 提取蛋白质结构的解析方法、发布日期、PDB ID 等信息，通常可以从 entry 或 struct 相关的 CIF 文件数据块中获取。这些字段在 mmCIF 文件中存储元数据信息，例如解析方法、日期和 PDB ID。

下面是一个示例代码，展示如何通过 py-mmcif 包来提取这些信息。

示例代码：

from mmcif.io.PdbxReader import PdbxReader
import gzip
 
# mmCIF 文件路径
cif_file_path = '/path/to/your/file.cif.gz'
 
data = []
# 打开并读取 gzipped mmCIF 文件
with gzip.open(cif_file_path, 'rt') as cif:
    reader = PdbxReader(cif)
    reader.read(data)
 
# 提取第一个数据块
data = data[0]

# 提取 PDB ID
pdb_id = data.getObj('entry').getValue('id', 0)
print(f"PDB ID: {pdb_id}")

# 提取解析方法
if data.getObj('exptl') is not None:
    method = data.getObj('exptl').getValue('method', 0)
    print(f"Experimental method: {method}")

# 提取结构的最初提交日期
if data.getObj('pdbx_database_status') is not None:
    deposition_date = data.getObj('pdbx_database_status').getValue('recvd_initial_deposition_date',0)
    print(f"Deposition_date: {deposition_date}")

# 发布日期
# release_date = data.getObj('database_PDB_rev').getValue('date_original', 0)

# 提取结构解析的分辨率
res = None
if data.getObj('refine') is not None:
    try:
        res = float(data.getObj('refine').getValue('ls_d_res_high', 0))
        print(f"Resolution (from refine): {res} Å")
    except:
        print("Resolution not found in 'refine'.")

if (data.getObj('em_3d_reconstruction') is not None) and (res is None):
    try:
        res = float(data.getObj('em_3d_reconstruction').getValue('resolution', 0))
        print(f"Resolution (from em_3d_reconstruction): {res} Å")
    except:
        print("Resolution not found in 'em_3d_reconstruction'.")

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http://www.kler.cn/news/324390.html