云-转录组平台升级解锁更多实用交互式功能

转录组测序作为基因表达研究中最基础和重要的手段之一，通过对细胞或组织中的全部mRNA进行测序，可以全面了解基因在特定生理或病理状态下的表达模式。其已然成为分子生物学研究的标配，为了更好的服务客户，继上次针对转录组整体新增了图片工具模块，我们又针对单个分析点的交互式功能进行了进一步优化，以满足客户的多元化的交互需求。本次升级包括真核有参转录组和原核有参转录组两大产品，主要围绕以下几大分析点展开：

1.样本间相关性

（1）将原来的距离热图改成了相关系数热图，相比于距离热图，相关系数热图目前应用更为广泛，且对于样本之间的相关性强弱有一个标准的区分逻辑。

（2）将图例范围调整成了自适应，让不同样本之间的区分更加明显。

（3）支持在“编辑面板”的“排版相关”下选择不同的聚类方式，并可以在线调整未聚类一侧的样本排列顺序。

（4）相关系数热图还支持在线对样本名进行修改。

2.差异表达量分析—火山图

（1）火山图图例同时显示基因个数，也可在“编辑面板”的“图例相关”下选择图例不携带数字取消显示。

（2）火山图添加正负差异倍数和显著性筛选曲线，也可在“编辑面板”的“排版相关”下取消辅助线显示。

（3）支持根据需要调整横纵坐标的范围。

 （4）满足不同条件筛选下显示差异基因的基因ID、基因名、自定义名称。

• 筛选策略：显著总体：针对整个数据集不区分上下调筛选topN；分组topN:可区分上下调，选择分别显示topN；自定义：直接输入想显示的自定义的基因ID、基因名或其他自定义的名称。

• 标签列：Gene：代表基因ID；Name：代表基因名；Group：代表上下调。可以在标签数据集新增加列，获取基因在其他数据库的信息或者自定义名称，更新数据后即可在标签列选择显示新增列的信息。

3.聚类分析

（1）满足不同筛选条件下右侧显示该行对应的基因名、基因ID、自定义名称。

• 筛选策略：总体：针对整个数据集；自定义：直接输入想显示的自定义的基因ID、基因名或其他自定义的名称。

• 标签列：Gene：代表基因ID；Name：代表基因名。可以在标签数据集新增加列，获取基因在其他数据库的信息或者自定义名称，更新数据后即可在标签列选择显示新增列的信息。

4.GO注释、KEGG注释

（1）增加不同层级出图：GO注释在交互页面增加level2、level3、level4层级供客户选择；KEGG注释在交互页面增加level1、level2、level3层级供客户选择，绘制相应的注释分析柱状图。同时可在不同层级下对数据进行筛选展示.

（2）默认出图由原来的默认展示所有变成默认展示总体的top20，若客户想展示其他，也可通过数据筛选功能进行筛选绘制想要的结果图。

（3）KEGG注释的柱状图用不同颜色区分不同的类别。

5.GO富集分析、KEGG富集分析

（1）增加柱状图展示结果。

（2）气泡图由原来的按count值大小排列变成按P值大小排列，更加符合客户实际需求。

（3）增加数据筛选功能，可以选择根据pvalue或者padjust值进行数据筛选和绘图。

• 数据过滤方式：All：代表可以不区分类别筛选topN的数据；Level：代表可以分别筛选不同类别下topN的数据；自定义：代表可以输入你想保留或者去除的GO term或KEGG pathway筛选数据。

除以上分析点外，此次更新的转录组云平台还在结果包中增加了基因描述总表，方便客户可以下载进行线下的筛选和分析；以及在火山图对应的表格中增加了一列regulate信息，直观显示基因是否显著上下调。

在保证结果准确全面的基础上，我们一直在为客户创建更好的云平台交互式体验做出努力，如果您在使用云平台地过程中有任何建议都欢迎反馈给我们后台工作人员。我们后续将对转录组云平台进行持续优化，大家可以持续关注并期待哦！