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R package安装的几种方式

article 2024/11/24 6:47:24

R包安装方式

第一种方式，当然是R自带的函数直接安装包了，这个是最简单的，而且不需要考虑各种包之间的依赖关系。

对普通的R包，直接install.packages()即可，一般下载不了都是包的名字打错了，或者是R的版本不够，如果下载了安装不了，一般是依赖包没弄好，或者你的电脑缺少一些库文件，如果实在是找不到或者下载慢，一般就用repos=来切换一些镜像。

> install.packages("pheatmap")  ##直接输入包名字即可

这种方式安装的R包，通常比较好安装，不容易出现问题。

对于要下载的R包不在R语言官网上，则极有可能在Bioconductor或者Github上，可以先登录Bioconductor官网或github搜索相关R包，搜索后先查看其相关用途，再进行安装。其中，Bioconductor主要是跟生物数据分析及可视化相关的包。

以安装AnnotationForge包（这是一个进行GO注释所需的R包）为例

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("AnnotationForge")

利用devtools包中的“install_github()”函数进行安装。

devtools::install_github("/home/data/deseq2") 括号内需使用完整路径（全路径），直接github安装

BiocManager::install_github("/home/data/deseq2") 括号内需使用完整路径（全路径），直接github安装

其它方法都不能成功安装时，去github下载安装包并解压，使用此方法进行手动安装，使用解压包后的全路径

devtools::install_github("C:/Download/data/org.my.db")

在github官网下载对应的R包

打开Rstudio，点击Tools---install packages---选择package archive file(zip,tar,gz)--选择下载R包放置的全路径---install

步骤操作：

使用devtools或remotes包：在R中，你可以使用devtools或remotes包来直接从GitHub安装R包。首先，你需要安装这些包（如果尚未安装）：
```
install.packages("devtools")  # 或者 install.packages("remotes")
```
安装GitHub上的R包：使用install_github()函数从GitHub安装R包。这个函数是devtools和remotes包提供的。你需要提供包的完整GitHub路径，格式为用户名/仓库名。例如，如果你想安装hadley的RcppDateTime包，你可以使用以下命令：
```
library(devtools)  # 或者 library(remotes)
install_github("hadley/RcppDateTime")
```
这个命令会从GitHub上的指定仓库安装R包。
指定Git引用：如果你需要安装特定分支、标签、提交或拉取请求中的包，可以通过指定Git引用来实现：
```
install_github("hadley/RcppDateTime@branch_name")
```
其中branch_name是你想要安装的分支名称。
列出GitHub上的R包：如果你想查看GitHub上特定用户发布的所有R包，可以使用gh_list_packages()函数：
```
gh_list_packages("hadley")
```
这将返回一个数据框，列出hadley用户创建的所有R包。