Windows下安装FreeSurfer教程
简介
FreeSurfer 是一个开源软件包，用于分析和可视化横断面和纵向研究的结构、功能和扩散神经成像数据。它由Athinoula A. Martinos 生物医学成像中心的计算神经成像实验室开发。
官网
功能
FreeSurfer 为结构 MRI 数据提供完整的处理流，包括：
- 颅骨剥离、B1 偏置场校正和灰白质分割
- 皮质表面模型的重建（灰白色边界面和软脑膜表面）
- 标记皮质表面的区域以及皮质下大脑结构
- 具有立体定向图谱的个体皮质表面的非线性配准
- 组形态测量差异的统计分析
先决条件
FreeSurfer当前只支持Linux和MacOS系统，在Windows下使用可以使用虚拟机或者WSL安装Linux操作系统，使用WSL可以参考我写的这篇博客WSL–无需安装虚拟机和docker可以直接在Windows操作系统上使用Linux操作系统
安装
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使用
MobaXterm连接已经安装好的Linux操作系统
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cd到HOME目录 -
wget https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.4.1/freesurfer_ubuntu22-7.4.1_amd64.deb下载安装包
注意：也可以直接去官网下载Download
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sudo apt-get update -y更新系统的软件包索引 -
sudo apt-get -y install ./freesurfer_ubuntu22-7.4.1_amd64.deb执行安装 -
设置环境变量
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer/7.4.1 echo "export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer/7.4.1" >> $HOME/.bashrc -
ls $FREESURFER_HOME检查安装路径
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申请license
- 填写相应信息进行注册
注意：不可以使用qq邮箱，可能会收不到邮件，申请时license数量可以多填几个。
- 注册成功后会收到一封邮件，附件就是license文件
注意：如果收件箱看不到邮件，可以去垃圾箱看下。
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将下载好的license文件上传到Linux
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设置环境变量
echo "export FS_LICENSE=$HOME/license.txt" >> $HOME/.bashrc
echo "export XDG_RUNTIME_DIR=$HOME/.xdg" >> $HOME/.bashrc
echo "export DISPLAY=:0" >> $HOME/.bashrc
echo "source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh" >> $HOME/.bashrc
- 退出Linux重新登陆后显示如下信息代表安装成功
注意：多出这一行信息也是OK的INFO: /home/developer/matlab/startup.m does not exist ... creating
- 输入
freeview打开UI界面
