Pandoc, Zotero, JabRef 管理论文引用，生成参考文献 | 撰写论文 paper

书接上回，使用 Obsidian, Zotero, JabRef, Pandoc, Markup-Markdown | 撰写论文 paper

TL; DR

安装 pandoc v3.6.2. 使用一下命令，将 markdown 转化为论文的 word 文件。

pandoc --from markdown+footnotes+citations \
	--wrap=none \
	--reference-doc=../styles/project_paper.docx \
	--csl=refs/diabetologia.csl \
	--citeproc \
	--bibliography=manual_20250203.yaml \
	--bibliography=refs.yaml \
	-i index.md -o index.docx

命令解释：

• markdown+footnotes+citations: 设置pandoc 的插件
• reference-doc：论文的格式
• csl：引用参考文献的语法；diabetologia.csl 在 https://www.zotero.org/styles?q=diabetologia 下载
• citeproc：明确使用哪个插件处理交叉引用
• bibliography：参考文献的索引文件，bibliography 文献管理可以通过 zotero 自动导出或 JabRef 手动维护；支持添加多个 bibliography。

如果在 Markdown 中，使用了

[@Hinton2006] [@Krizhevsky2017]
...

# References

那么，对应的生成的 docx 就会包含(转化后的文本)：

以及参考文献内容：

注意：Markdown 文件的最后一行必须是 # References，否则将不生成参考文献列表，见官方文档。

导出 bibliography 文件

导出 bibliography 文件的格式使用：CSL YAML. 比如 JabRef 中，通过 File -> Export 进行导出。

注意：不要直接改 CSL YAML 文件，而是使用 JabRef 或 Zotero 进行维护，因为 JabRef 或 Zotero 不能直接打开 CSL YAML 文件。

JabRef

Zotero

Zotero 导出如下，选择一个 Collection 右键 -> Export Collection, 选择 Better CSL YAML(需要安装插件 Better BibTeX for Zotero).

参考文献引用语法

在 Markdown 中使用 CitationKey，生成参考文献引用，对应格式如下：

除了使用 [] 的形式添加引用，也可以用文本的形式：

reference-doc

reference-doc 就是样式文件，比如生成 docx 的大标题、二级标题、行间距、正文字体等。

最快的获得一个 reference-doc 模版的方法，就是先用 pandoc 将一个 markdown 转化为 docx 文件，然后以这个文件为蓝本，更新页眉、页脚、headings。

更多关于 reference-doc 的介绍，参考官方文档。

Links

Scholarly Writing Citations

zotero csl styles

Bibliographies 以及 Citations

Citations of Pandoc