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PhyloSuite v1.2.3安装与使用-生信工具049

article 2025/3/4 2:03:38

PhyloSuite 一个好用的win集成建树平台，官方相关文档视频等做的可好了PhyloSuite (jushengwu.com)

官网

https://github.com/dongzhang0725/PhyloSuite/releases   #官网
http://phylosuite.jushengwu.com/dongzhang0725.github.io/installation/   #官方说明文档

这里介绍如何安装，主要是偏linux

1. 安装已编译的 PhyloSuite

可在 Releases · dongzhang0725/PhyloSuite · GitHub 下载适用于各平台的安装包。

https://github.com/dongzhang0725/PhyloSuite/releases/download/1.2.3/PhyloSuite_v1.2.3_Win64.rar

立即下载

中文下载链接

1.1 Windows 系统

支持 Windows 7、8 和 10。
直接双击 PhyloSuite_xxx_win_setup.exe 进行安装，安装完成后运行“PhyloSuite.exe”文件即可。

⚠️ 如果安装失败，可以下载 PhyloSuite_xxx_Win64/32.rar 压缩包，解压后直接在文件夹中运行 PhyloSuite。

1.2 Mac OSX 或 Linux 系统

将 PhyloSuite_xxx_Mac.zip 或 PhyloSuite_xxx_Linux.tar.gz 解压到任意目录，然后双击文件夹中的“PhyloSuite”启动程序，或使用以下命令启动：

cd [PhyloSuite安装路径]/PhyloSuite
./PhyloSuite

如果遇到 “permission denied（权限拒绝）” 错误，可尝试运行以下命令：

bash [PhyloSuite安装路径]/assign_permission.sh

注意：

Windows（7 及以上）支持 64 位和 32 位。
Linux（Ubuntu 18.04.6 LTS）和 Mac OSX（macOS Sierra 10.12.3 及以上）仅测试了 64 位版本。

⚠️ 强烈建议 在 Linux 系统中使用 conda、docker 或 singularity 安装 PhyloSuite（详见第 3、4 节），尤其是 v1.2.3 及更高版本。

2. 使用 pip 安装

首先确保已安装 Python（版本 3.6）并将其添加至环境变量。
然后在终端中执行：

pip install PhyloSuite

安装完成后，PhyloSuite 会自动添加至环境变量。
再次在终端中输入以下命令启动：

PhyloSuite

3. 使用 conda 安装

首先安装 Miniconda3 并将其加入环境变量。
然后在终端中创建 Python 3.6 环境：

conda create -n py367 python=3.6.7

接着在 “py367” 环境中安装 PhyloSuite：

conda activate py367
pip install PhyloSuite

安装完成后，PhyloSuite 会被安装在 [Miniconda安装路径]/envs/py367/bin 文件夹中，并自动添加至环境变量。
启动 PhyloSuite：

conda activate py367  # 如果尚未进入 py367 环境需执行
PhyloSuite

4. 安装 PhyloSuite 一体化虚拟环境

4.1. 使用虚拟环境的优势

所有插件均已预配置，可直接使用
界面可在后台运行（即使关闭 VNCViewer 窗口，也可以随时重新连接）

4.2. 使用 Docker 安装

4.2.1. 配置和运行 Docker

首先安装 Docker 并加入环境变量。

然后使用以下命令拉取 PhyloSuite 镜像：

docker pull dongzhang0725/phylosuite:1.2.3

⚠️ 其中 1.2.3 为 PhyloSuite 版本号，可根据需要替换。
可在 https://hub.docker.com/repository/docker/dongzhang0725/phylosuite/tags 查看所有版本。

切换到用于存储工作文件和结果的文件夹，并使用以下命令创建容器并运行 PhyloSuite：

cd [PhyloSuite工作目录]  # 切换到存放 PhyloSuite 工作文件的目录
docker run -u $(id -u):$(id -g) \
  -v /etc/group:/etc/group:ro \
  -v /etc/passwd:/etc/passwd:ro \
  -d -v $HOME:$HOME \
  -w $PWD --net=host \
  dongzhang0725/phylosuite:1.2.3 \
  bash -c "export DISPLAY=:105; bash vncserver.sh PASSWORD=phylsuit VNC_PORT=6123 RUN=start; bash PhyloSuite.sh"