使用coco数据集进行语义分割（1）：数据预处理，制作ground truth

如何coco数据集进行目标检测的介绍已经有很多了，但是关于语义分割几乎没有。本文旨在说明如何处理 stuff_train2017.json    stuff_val2017.json    panoptic_train2017.json    panoptic_val2017.json，将上面那些json中的dict转化为图片的label mask，也就是制作图片像素的标签的ground truth。

首先下载图片和annotation文件（也就是json文件）

2017 Train Images和2017 Val Images解压得到这两个文件夹，里面放着的是所有图片。

annotation下载下来有4个json文件

以及两个压缩包

这两个压缩包里面是panoptic segmentation的mask，用于制作ground truth。

首先说明一下那四个json文件的含义，stuff是语义分割，panoptic是全景分割。二者的区别在与

语义分割只区别种类，全景分割还区分个体。上图中，中间的语义分割将所有的人类视作同一个种类看待，而右边的全景分割还将每一个个体区分出来。

做语义分割，可以使用stuff_train2017.json生成ground truth。但是即便是只做语义分割，不做全景分割，在只看语义分割的情况下，stuff的划分精度不如panoptic，因此建立即使是做语义分割也用panoptic_train2017.json。本文中将两种json都进行说明。

stuff_train2017.json

下面这段代码是处理stuff_train2017.json生成ground truth

from pycocotools.coco import COCO
import os
from PIL import Image
import numpy as np
from matplotlib import pyplot as plt


def convert_coco2mask_show(image_id):
    print(image_id)
    img = coco.imgs[image_id]
    image = np.array(Image.open(os.path.join(img_dir, img['file_name'])))
    plt.imshow(image, interpolation='nearest')

    # cat_ids = coco.getCatIds()
    cat_ids = list(range(183))
    anns_ids = coco.getAnnIds(imgIds=img['id'], catIds=cat_ids, iscrowd=None)
    anns = coco.loadAnns(anns_ids)
    mask = np.zeros((image.shape[0], image.shape[1]))
    for i in range(len(anns)):
        tmp = coco.annToMask(anns[i]) * anns[i]["category_id"]
        mask += tmp
    
    print(np.max(mask), np.min(mask))
    
    # 绘制二维数组对应的颜色图
    plt.figure(figsize=(8, 6))
    plt.imshow(mask, cmap='viridis', vmin=0, vmax=182)
    plt.colorbar(ticks=np.linspace(0, 182, 6), label='Colors')  # 添加颜色条
    # plt.savefig(save_dir + str(image_id) + ".jpg")
    plt.show()


if __name__ == '__main__':
    Dataset_dir = "/home/xxxx/Downloads/coco2017/"
    coco = COCO("/home/xxxx/Downloads/coco2017/annotations/stuff_train2017.json")
    # createIndex
    # coco = COCO("/home/robotics/Downloads/coco2017/annotations/annotations/panoptic_val2017.json")
    img_dir = os.path.join(Dataset_dir, 'train2017')
    save_dir = os.path.join(Dataset_dir, "Mask/stuff mask/train")
    if not os.path.isdir(save_dir):
        os.makedirs(save_dir)
    image_id = 9
    convert_coco2mask_show(image_id)
    
    # for keyi, valuei in coco.imgs.items():
    #     image_id = valuei["id"]
    #     convert_coco2mask_show(image_id)

解释一下上面的代码。

coco = COCO("/home/xxxx/Downloads/coco2017/annotations/stuff_train2017.json")

从coco的官方库中导入工具，读取json。会得到这样的字典结构

在 coco.imgs ，找到 "id" 对应的value，这个就是每个图片唯一的编号，根据这个编号，到 coco.anns 中去索引 segmentation

注意 coco.imgs 的 id 对应的是 anns 中的 image_id，这个也是 train2017 文件夹中图片的文件名。

# cat_ids = coco.getCatIds()
cat_ids = list(range(183))

网上的绝大多数教程都写的是上面我注释的那行代码，那行代码会得到91个类，那个只能用于图像检测，但对于图像分割任务，包括的种类是182个和一个未归类的0类一共183个类。

tmp = coco.annToMask(anns[i]) * anns[i]["category_id"]

上面那行代码就是提取每一个类所对应的id，将所有的类都加进一个二维数组，就制作完成了ground truth。

panoptic_train2017.json

上面完成了通过stuff的json文件自作ground truth，那么用panoptic的json文件制作ground truth，是不是只要把

coco = COCO("/home/xxxx/Downloads/coco2017/annotations/stuff_train2017.json")

换为

coco = COCO("/home/xxxx/Downloads/coco2017/annotations/annotations/panoptic_val2017.json")

就行了呢？

答案是不行！会报错

Traceback (most recent call last):
  File "/home/xxxx/.local/lib/python3.8/site-packages/IPython/core/interactiveshell.py", line 3508, in run_code
    exec(code_obj, self.user_global_ns, self.user_ns)
  File "<ipython-input-4-66f5c6e7dbe4>", line 1, in <module>
    coco = COCO("/home/xxxx/Downloads/coco2017/annotations/panoptic_val2017.json")
  File "/home/robotics/.local/lib/python3.8/site-packages/pycocotools/coco.py", line 86, in __init__
    self.createIndex()
  File "/home/xxxx/.local/lib/python3.8/site-packages/pycocotools/coco.py", line 96, in createIndex
    anns[ann['id']] = ann
KeyError: 'id'

用官方的库读官方的json还报错，真是巨坑！关键还没有官方的文档教你怎么用，只能一点点摸索，非常浪费时间精力。

制作panoptic的ground truth，用到了Meta公司的detectron2这个库

# Copyright (c) Facebook, Inc. and its affiliates.
import copy
import json
import os

from detectron2.data import MetadataCatalog
from detectron2.utils.file_io import PathManager


def load_coco_panoptic_json(json_file, image_dir, gt_dir, meta):
    """
    Args:
        image_dir (str): path to the raw dataset. e.g., "~/coco/train2017".
        gt_dir (str): path to the raw annotations. e.g., "~/coco/panoptic_train2017".
        json_file (str): path to the json file. e.g., "~/coco/annotations/panoptic_train2017.json".

    Returns:
        list[dict]: a list of dicts in Detectron2 standard format. (See
        `Using Custom Datasets </tutorials/datasets.html>`_ )
    """

    def _convert_category_id(segment_info, meta):
        if segment_info["category_id"] in meta["thing_dataset_id_to_contiguous_id"]:
            segment_info["category_id"] = meta["thing_dataset_id_to_contiguous_id"][
                segment_info["category_id"]
            ]
            segment_info["isthing"] = True
        else:
            segment_info["category_id"] = meta["stuff_dataset_id_to_contiguous_id"][
                segment_info["category_id"]
            ]
            segment_info["isthing"] = False
        return segment_info

    with PathManager.open(json_file) as f:
        json_info = json.load(f)

    ret = []
    for ann in json_info["annotations"]:
        image_id = int(ann["image_id"])
        # TODO: currently we assume image and label has the same filename but
        # different extension, and images have extension ".jpg" for COCO. Need
        # to make image extension a user-provided argument if we extend this
        # function to support other COCO-like datasets.
        image_file = os.path.join(image_dir, os.path.splitext(ann["file_name"])[0] + ".jpg")
        label_file = os.path.join(gt_dir, ann["file_name"])
        segments_info = [_convert_category_id(x, meta) for x in ann["segments_info"]]
        ret.append(
            {
                "file_name": image_file,
                "image_id": image_id,
                "pan_seg_file_name": label_file,
                "segments_info": segments_info,
            }
        )
    assert len(ret), f"No images found in {image_dir}!"
    assert PathManager.isfile(ret[0]["file_name"]), ret[0]["file_name"]
    assert PathManager.isfile(ret[0]["pan_seg_file_name"]), ret[0]["pan_seg_file_name"]
    return ret


if __name__ == "__main__":
    from detectron2.utils.logger import setup_logger
    from detectron2.utils.visualizer import Visualizer
    import detectron2.data.datasets  # noqa # add pre-defined metadata
    from PIL import Image
    import matplotlib.pyplot as plt
    import numpy as np

    logger = setup_logger(name=__name__)
    meta = MetadataCatalog.get("coco_2017_train_panoptic")

    dicts = load_coco_panoptic_json("/home/xxxx/Downloads/coco2017/annotations/panoptic_train2017.json",
                                    "/home/xxxx/Downloads/coco2017/train2017",
                                    "/home/xxxx/Downloads/coco2017/Mask/panoptic mask/panoptic_train2017", meta.as_dict())
    logger.info("Done loading {} samples.".format(len(dicts)))

    dirname = "coco-data-vis"
    os.makedirs(dirname, exist_ok=True)
    new_dic = {}
    num_imgs_to_vis = 100
    for i, d in enumerate(dicts):
        img = np.array(Image.open(d["file_name"]))
        visualizer = Visualizer(img, metadata=meta)
        pan_seg, segments_info = visualizer.draw_dataset_dict(d)
        seg_cat = {0: 0}
        for segi in segments_info:
            seg_cat[segi["id"]] = segi["category_id"]
        
        mapped_seg = np.vectorize(seg_cat.get)(pan_seg)
        
        # 保存数组为txt文件
        save_name = "/home/xxxx/Downloads/coco2017/Mask/panoptic label/train/" + str(d["image_id"]) + ".txt"
        np.savetxt(save_name, mapped_seg, fmt='%i')
        
        new_dic[d["image_id"]] = {"image_name": d["file_name"], "label_name": save_name}
        
        # # 将numpy数组转换为PIL Image对象
        # img1 = Image.fromarray(np.uint8(mapped_seg))
        # # 缩放图片
        # img_resized = img1.resize((224, 224))
        # # 将PIL Image对象转换回numpy数组
        # mapped_seg_resized = np.array(img_resized)
        
        # # 创建一个新的图形
        # plt.figure(figsize=(6, 8))
        # # 使用imshow函数来显示数组，并使用cmap参数来指定颜色映射
        # plt.imshow(mapped_seg_resized, cmap='viridis')
        # # 显示图形
        # plt.show()
        
        # fpath = os.path.join(dirname, os.path.basename(d["file_name"]))
        # # vis.save(fpath)
        
        if i + 1 >= num_imgs_to_vis:
            # 将字典转换为json字符串
            json_data = json.dumps(new_dic)
            
            # 将json字符串写入文件
            with open('/home/xxxx/Downloads/coco2017/data_for_train.json', 'w') as f:
                f.write(json_data)
            break

dicts = load_coco_panoptic_json("/home/xxxx/Downloads/coco2017/annotations/panoptic_train2017.json",
                                    "/home/xxxx/Downloads/coco2017/train2017",
                                    "/home/xxxx/Downloads/coco2017/Mask/panoptic mask/panoptic_train2017", meta.as_dict())

load_coco_panoptic_json的第三个参数，就是下载panoptic的annotations时，里面包含的两个压缩包。

上面这段代码，还需要修改一下detectron2库内部的文件

pan_seg, segments_info = visualizer.draw_dataset_dict(d)

进入 draw_dataset_dict这个函数内部，将两个中间结果拿出来

603行和604行是我自己加的代码。

这两个中间结果拿出来后，pan_seg是图片每个像素所属的种类，但是这个种类不是coco分类的那183个类

pan_seg中的数，要映射到segments_info中的 category_id，这个才是coco数据集所规定的183个类 。下图节选了183个中的前10个展示

mapped_seg = np.vectorize(seg_cat.get)(pan_seg)

上面这行代码就是完成pan_seg中的数，映射到segments_info中的 category_id。不要用两层的for循环，太低效了，numpy中有函数可以完成数组的映射。

这样就得到了语义分割的ground truth，也就是每个像素所属的种类。