TCGA 编码格式解读 | 怎么区分是不是肿瘤样品?
最权威参考资料
- https://docs.gdc.cancer.gov/Encyclopedia/pages/TCGA_Barcode/
"-"分割符的第四位
是Sample type:
- Tumor types range from 01 - 09,
- normal types from 10 - 19
- and control samples from 20 - 29.
See Code Tables Report for a complete list of sample codes
- https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/sample-type-codes
编码举例 TCGA-02-0001-01C-01D-0182-01
TCGA命名每个字段的意义,如下:
Project-TSS-Participant-Sample&Vial-Portion&Analyte-Plate-Center
TCGA:Project 项目名称
02:TSS 组织来源代码
0001:Participant 科研参与者
01:Sample 样本类型
C:Vial 样本序列中样本的阶数
01:Portion 顺序中部分的次序
D:Analyte
0182:Plate 顺序中的板的顺序
01:Center 测序鉴定