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PACS系统中的三维重建技术：原理、实现与应用

article 2024/11/14 12:26:56

摘要: PACS（Picture Archiving and Communication System）系统作为医学图像的存储和传输平台，为医生和患者提供了便捷高效的诊疗支持。近年来，三维重建技术在PACS系统中的应用越来越广泛，本文将简单介绍这项技术的应用过程，并给出每一步骤的相关代码。

一、三维重建技术的基本原理

在PACS系统中，三维重建技术是基于一系列二维切片图像，通过数学和计算机算法对图像进行处理，还原出物体的三维结构。这种技术在医学领域的应用已经取得了显著的成果，如CT、MRI等。

二、应用过程及相关代码

前提：从PACS系统获取数据

首先，从PACS系统中导出原始的二维图像数据。这些数据可能是DICOM格式的文件，需要使用相关库进行读取和解析。这里我们使用pydicom库进行操作。

import pydicom

def load_images_from_pacs(dicom_files):
    image_data_list = []
    for dicom_file in dicom_files:
        dataset = pydicom.dcmread(dicom_file)
        image_data = dataset.pixel_array
        image_data_list.append(image_data)
    return image_data_list

1. 图像预处理

首先，从PACS系统中导出原始的二维图像数据。这些数据可能包含噪声、伪影等影响三维重建效果的因素，因此需要进行预处理。

import cv2
import numpy as np

def preprocess_image(img):
    # 降噪
    img_denoised = cv2.fastNlMeansDenoising(img, h=30)

    # 对比度和亮度调整
    img_contrast = cv2.convertScaleAbs(img_denoised, alpha=1.2, beta=20)

    return img_contrast

2. 图像配准

图像配准是将不同时间、不同角度获取的图像进行对齐，以便在后续步骤中进行融合。

import SimpleITK as sitk

def image_registration(fixed_image, moving_image):
    elastix = sitk.ElastixImageFilter()
    elastix.SetFixedImage(sitk.GetImageFromArray(fixed_image))
    elastix.SetMovingImage(sitk.GetImageFromArray(moving_image))

    elastix.Execute()

    return sitk.GetArrayFromImage(elastix.GetResultImage())

3. 三维重建

接下来，使用预处理过的二维图像进行三维重建。这里使用Marching Cubes算法，将二维切片堆叠为三维结构。

from skimage import measure

def reconstruct_3d(volume_data, threshold):
    verts, faces, _, _ = measure.marching_cubes(volume_data, threshold)
    return verts, faces

4. 三维模型可视化

最后，我们将重建的三维模型进行可视化展示。这里使用matplotlib和mpl_toolkits.mplot3d库来实现三维模型的渲染和交互。

import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
from mpl_toolkits.mplot3d.art3d import Poly3DCollection

def visualize_3d(verts, faces):
    fig = plt.figure(figsize=(10, 10))
    ax = fig.add_subplot(111, projection="3d")
    
    # 为顶点着色
    face_colors = [(0.5, 0.5, 1, 0.5)] * len(faces)
    
    # 创建3D多边形集合
    poly3d = Poly3DCollection(verts[faces], facecolors=face_colors, edgecolors="k", linewidths=0.5)
    ax.add_collection3d(poly3d)

    # 设置轴范围和标签
    ax.set_xlim([np.min(verts[:, 0]), np.max(verts[:, 0])])
    ax.set_ylim([np.min(verts[:, 1]), np.max(verts[:, 1])])
    ax.set_zlim([np.min(verts[:, 2]), np.max(verts[:, 2])])
    ax.set_xlabel("X-axis")
    ax.set_ylabel("Y-axis")
    ax.set_zlabel("Z-axis")

    # 使轴比例相等
    ax.set_box_aspect([1, 1, 1])

    plt.show()

三、实际应用案例

以下是一个完整的三维重建过程示例，包括从PACS系统获取数据、预处理、配准、重建和可视化。

def main():
    # 从PACS系统获取二维图像数据
    image_data_list = load_images_from_pacs()

    # 图像预处理
    preprocessed_images = [preprocess(img) for img in image_data_list]

    # 图像配准
    registered_images = []
    fixed_image = preprocessed_images[0]
    for moving_image in preprocessed_images[1:]:
        registered_image = image_registration(fixed_image, moving_image)
        registered_images.append(registered_image)

    # 三维重建
    volume_data = np.stack(registered_images, axis=2)
    threshold = 100
    verts, faces = reconstruct_3d(volume_data, threshold)

    # 可视化
    visualize_3d(verts, faces)

if __name__ == "__main__":
    main()

本文简单介绍了PACS系统中三维重建技术的应用过程.

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