PyRosetta Task介绍及示例代码
在 Rosetta 和 PyRosetta 中，Task 是控制蛋白质设计和重排过程的核心组件，主要用于定义操作的范围，尤其是在侧链重排或设计时。Task 定义哪些残基可以被设计、哪些残基只能重排、哪些部位需要保持不变，控制设计的灵活性。
常见的 Task 操作
- Restrict to Repacking：只允许重排侧链的旋转构象，不进行新的设计。
- Prevent Repacking：阻止特定残基被重排或设计。
- Restrict to Residues：限制设计或重排到指定的残基范围。
- Restrict to Interface：只在分子对接的界面处进行设计或重排。
- Design：允许残基的序列进行设计，产生新氨基酸。
1. Restrict to Repacking
只允许对蛋白质的现有侧链进行重排（repacking），不进行新氨基酸的设计。这是默认的侧链优化操作。
示例代码：只进行侧链重排
import pyrosetta
from pyrosetta import rosetta
# 初始化 PyRosetta
pyrosetta.init()
# 加载蛋白质结构
pose = pyrosetta.pose_from_pdb("input.pdb")
# 创建打分函数
scorefxn = pyrosetta.create_score_function("ref2015")
# 创建 TaskFact